Error: unexpected input in "gse72815 <- read.table('Referdatacounts/GSE72815_series_matrix.txt.gz'，"
Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, :
line 1 did not have 6 elements
你在導入文件的時候是不是也經(jīng)常遇到這種報錯呢？
這個文檔特指在導入GEO的GSE****_series_matrix.txt.gz 時候翠忠，我就是，面對著這個文件內的一些東西頭疼的很嚎于，剛開始學GEO的時候，老師搞不定憎亚。
但是現(xiàn)在有一些竅門了衙耕。
這種文件有一個竅門。假如你下載下來有幾M凡壤，那么你的表達譜數(shù)據(jù)也大概率在里面署尤。
這種數(shù)據(jù)是GEO的一個特定格式，有一個函數(shù)可以特定的讀取的
library(GEOquery)
gse_number = "GSE72815"
gset = getGEO(gse_number,destdir = 'Referdatacounts/',getGPL = F) #記得把文件地址改了亚侠，改成你的
gse72815=exprs(gset[[1]])
這樣子是讀取本地的曹体，你也可以把其余參數(shù)去掉，只剩下GSE號碼硝烂，這樣的話就是下載數(shù)據(jù)了箕别。但是大數(shù)據(jù)不推薦，下載的太慢了滞谢。
還有一種情況串稀，你下載了，但是里面沒有表達矩陣狮杨。
你就遇到了這種的表達矩陣
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一讀就報錯母截，誒這個不典型，換一個
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行吧橄教，這個也不典型清寇，都是倆csv，直接read.csv就行了
我想告訴你的是护蝶，你可以
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他就直接給你了代碼华烟，可以直接復制，然后持灰，不用再一個一個的調參數(shù)讀取了盔夜，很方便吧
快去試試吧
