學習一天比一天晚缭贡，不行啊膊爪，你要畢業(yè)啊检碗，長點心吧
看之前請保證看過這篇：寫給零基礎同學的R和Rstudio教程
獲取示例數(shù)據(jù)：在公眾號后臺回復：“數(shù)據(jù)類型”即可獲得
（1）R的賦值符號不是等號平窘，而是<-
（2）在Console 控制臺輸入命令楷兽，相當于Linux的命令行
（3）R的代碼都是帶括號的，括號必須是英文的叉讥。
（4）顯示工作路徑 getwd()
設置工作路徑 setwd("C:/Users/kingjie/Desktop/Rdata")
（5）向量是由元素組成的窘行，元素可以是數(shù)字或者字符串。
（6）表格在R語言中改名叫數(shù)據(jù)框_
（7）別只復制代碼图仓，要理解其中的命令罐盔、函數(shù)的意思。函數(shù)或者命令不會用時救崔，除了百度/谷歌搜索以外惶看，用這個命令查看幫助：?read.table，調出對應的幫助文檔六孵，翻到example部分研究一下碳竟。
（8）數(shù)據(jù)類型（重點只有兩個，剩下的不看）
- 向量（vector）??重要
- 矩陣（Matrix）
- 數(shù)組（Array）
- 數(shù)據(jù)框（Data frame）??重要
- List
正文開始
在這些數(shù)據(jù)類型里狸臣，生信學習者最需要熟悉的是向量和數(shù)據(jù)框莹桅。
part1：向量
1.標量和向量的區(qū)分
首先明確“元素”的意思，元素指的是數(shù)字或者字符串（用chr表示）等，根據(jù)它可以區(qū)分兩個詞：
標量：一個元素組成的變量
向量：多個元素組成的變量
（補充：一個向量是一排有序排列的元素诈泼，以后會用到把一個向量作為數(shù)據(jù)框中的一列的情況懂拾。）
<figcaption style="margin: 10px 0px 0px; padding: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; line-height: inherit; text-align: center; color: rgb(153, 153, 153); font-size: 0.7em;">理解元素、向量和標量</figcaption>
使用時铐达，一般都會直接給變量定義岖赋，也就是“賦值”，字面意思是賦予這個變量一個數(shù)值（其實也不一定是數(shù)值瓮孙，還可以是字符串/數(shù)據(jù)框等等）唐断。
x<-c(1,2,3) #常用的向量定義寫法，意為將x定義為由元素1杭抠，2脸甘，3組成的向量。x<-(1:10) #從1-10之間所有的整數(shù)x<-seq(1,10,by = 0.5) #1-10之間每隔0.5取一個數(shù)（注意這里是逗號不是分號）x<-rep(1:3,times=2) #1-3 重復2次
新手tips：
1.如果你把這幾行代碼都打過了偏灿，那么x就被你賦值了4次丹诀，結果就是，第一次賦值被第二次的覆蓋了翁垂，第二次的賦值又被第三次的覆蓋了铆遭，以此類推，以最后一次為準哦沿猜。
2.補充一下：你給變量賦值以后
<figcaption style="margin: 10px 0px 0px; padding: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; line-height: inherit; text-align: center; color: rgb(153, 153, 153); font-size: 0.7em;">在哪看變量</figcaption>
<figcaption style="margin: 10px 0px 0px; padding: 0px; max-width: 100%; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important; line-height: inherit; text-align: center; color: rgb(153, 153, 153); font-size: 0.7em;">怎么看變量</figcaption>
2.從向量中提取元素
（1）根據(jù)元素位置
#這里的x是你剛才賦值的變量名，根據(jù)自己的情況來修改x[4] #x第4個元素x[-4]#排除法啼肩，除了第4個元素之外剩余的元素x[2:4]#第2到4個元素x[-(2:4)]#除了……x[c(1,5)] #第1個和第5個元素
（2）根據(jù)值的大小
x[x==10]#等于10的元素x[x<0]x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1棍弄，2，5）中的元素
Part2：數(shù)據(jù)框
將示例數(shù)據(jù)放在你的RData文件夾下（Ｅ庇巍！痕支！重要）
示例數(shù)據(jù)是如何獲得的颁虐？（可跳過）
（1）新建doudou.txt，輸入以下（如果教程里讓你新建卧须，又沒說在哪里另绩，你就默認在工作目錄下新建。）
X1,X2
A,1
B,
C,
D,3
E,
小抄截圖中顯示的NA表示空值花嘶，所以新建的時候像我一樣空著就好笋籽。用以下命令即可獲得示例數(shù)據(jù)框：
X<-read.csv('doudou.txt')
image
（1）讀取本地數(shù)據(jù)
（本著不該皮時不能皮的原則，講一下正當?shù)淖x取命令）
（huahua.txt在示例數(shù)據(jù)里有椭员，記得一定要放在工作目錄RData里车海，否則報錯。）
read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T) #讀取文件隘击，分隔符為Tab侍芝，有表頭 a<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T)#把這個數(shù)據(jù)框賦給一個變量a
（我還是喜歡用read.csv命令研铆，這個格式太好了，在下一篇教程里有詳細的說明）
（2）設置行名和列名
X<-read.csv('doudou.txt') #在示例數(shù)據(jù)里有doudou.txt 注意這里的變量X是一個數(shù)據(jù)框colnames(X) #查看列名rownames(X) #查看行名,默認值的行名就是行號州叠，1.2.3.4...colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回數(shù)據(jù)棵红，左上角第一格為空，R會自動補為x,用這個命令來修改X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列為行名
（其實我們這個數(shù)據(jù)框并不需要改谷饿，如果你已經(jīng)改了琅催，知道怎么撤銷嗎篡悟？用剛才的read.table命令重新賦值一遍就可以覆蓋掉你剛才改瞎的了。這也就是變量為什么叫"變"量）
（3）數(shù)據(jù)框的導出
write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改為逗號交煞，字符串不加雙引號（默認格式帶由雙引號）
（4）變量的保存與重新加載
#這次沒有處理完的數(shù)據(jù)下次想接著用怎么辦?--學會保存和重新加載。保存的格式是RData可岂。save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存當前所有變量save(frame1,file="frame1.RData")#保存其中一個變量load("frame1.RData")#再次使用RData時的加載命令
（5）提取元素
(這里的X是指的我用過的一個變量名错敢，實際應用要懂得替換。剛才讓師姐測試我教程的時候很擔憂你們粗暴地復制我的代碼缕粹，最后啥也沒看懂稚茅。)
- X[x,y]#第x行第y列- X[x,]#第x行- X[,y]#第y列（橫著寫，這是不夠懶也不夠優(yōu)秀卻能存在的寫法）- X[y] #第y列（豎著寫平斩，這是懶惰又優(yōu)秀的寫法）- X[a:b]#第a列到第b列- X[c(a,b)]#第a列和第b列- X$列名#也可以提取列（優(yōu)秀寫法亚享，而且這個命令還優(yōu)秀到不用寫括號的地步，并且支持Tab自動補全哦绘面，不過只能提取一列）
（6）【選修部分】直接使用數(shù)據(jù)框中的變量
提取某兩列作散點圖：
（需要提示一下欺税，這里的case和values是兩個單純的列名，沒別的意思）
c <-data.frame(case=paste("S",c(1:50)),values=runif(50))> plot(c$case,c$values)
--這種方法有個缺點：數(shù)據(jù)框名a在代碼中重復出現(xiàn)（不符合懶惰（哦不揭璃，高效）的要求）
這里地數(shù)據(jù)框名比較簡短晚凿，可能你看不出不夠優(yōu)雅，本著花花懶惰的強迫癥精神瘦馍，不能允許數(shù)據(jù)框名出現(xiàn)兩次歼秽。（如果你不夠懶惰，下面的代碼別看了情组，會瞎的）
那么如何懶惰地實現(xiàn)：
方法1：attach
- 將數(shù)據(jù)框名添加到搜索環(huán)境中：attach（c）,作圖時就只需輸入列名(連$都不用了)燥筷。
attach(c)plot(case,values)
做完后將a刪除出搜索環(huán)境 detach（c）
局限性：兩個以上數(shù)據(jù)框的列名有沖突時，同時attach會報錯院崇。
方法2：with
with(c,{+ plot(case,values)x<<-summary(values) #求和并賦值給x,<<的意思是作為全局變量肆氓，y也就是出了with循環(huán)仍有效。})x #運行完后打印x
簡單查一下什么是with循環(huán)哦底瓣？
由于昨天沒有用到腳本窗口谢揪，這里正好學習一下腳本的使用和保存：將上面的代碼復制（手打更好）到一個新的R腳本中。
然后保存到工作目錄下，用凡人的方式打開键耕，你會看到它長這樣寺滚。
請注意腳本文件的后綴就是R，在R語言里還是很在意后綴的屈雄。很多復雜的代碼都是大神寫的村视，就是以腳本的形式給你，要用的時候直接找到他酒奶，用Rstudio打開就好蚁孔。
