1.問(wèn)題
heatmap.2是一種繪畫熱圖的gplots包中的一個(gè)功能，十分強(qiáng)大桃移，得到一個(gè)精美的熱圖，命令行不超過(guò)20行。
有一個(gè)不方便的地方是得到這份熱圖之后希望知道聚類之后的行名以及具體的數(shù)值管削，以備后續(xù)的分析。
2.解決
查閱之后可以通過(guò)以下方法進(jìn)行解決.
首先制造一個(gè)繪圖的矩陣
y <- matrix(rnorm(50), 10, 5, dimnames=list(paste("g", 1:10, sep=""),
paste("t", 1:5, sep="")))
建造的矩陣
按行進(jìn)行聚類
hr <- hclust(as.dist(1-cor(t(y), method="pearson")),
method="complete")
按列進(jìn)行聚類
hc <- hclust(as.dist(1-cor(y, method="spearman")), method="complete")
繪制熱圖
library(gplots)
heatmap.2(y, Rowv=as.dendrogram(hr), Colv=as.dendrogram(hc),
scale="row", density.info="none", trace="none")
heatmap.2繪圖范例
得到聚類之后的矩陣結(jié)果：
y[rev(hr$labels[hr$order]), hc$labels[hc$order]]
聚類后的矩陣結(jié)果
