血液游離DNA(又稱血液循環(huán)DNA)是指血液中游離于細(xì)胞外的DNA,其來(lái)源主要有三:白細(xì)胞崩解釋放的DNA交洗、壞死組織特別是腫瘤組織釋放入血液的DNA和感染病毒骑科、細(xì)菌的DNA。近幾年來(lái)构拳,隨著基因診斷技術(shù)的發(fā)展咆爽,游離核酸的應(yīng)用價(jià)值越來(lái)越大,如優(yōu)生篩查置森、腫瘤早期診斷斗埂、遺傳病檢測(cè)和病原體感染基因檢測(cè)等。但血液中游離DNA含量一般較低凫海,片段較小呛凶,不易提取,這大大影響了游離核酸的基因檢測(cè)和各種研究的開(kāi)展行贪。
游離DNA提取方法一般有TRizol方法漾稀、離心柱法、磁珠法建瘫。其中崭捍,Trizol方法與離心柱相比,提取效果相當(dāng)啰脚,但是因其對(duì)操作者帶來(lái)的毒性殷蛇,現(xiàn)在越來(lái)越被棄用。磁珠法比較適合機(jī)器自動(dòng)化提取橄浓,如果沒(méi)有核酸提取儀粒梦,只是使用磁力架配套提取,磁珠法的操作就比較麻煩且容易導(dǎo)致樣本交叉污染荸实。另外匀们,根據(jù)研究,磁珠法的核酸提取得率不如離心柱法泪勒。如果要提取的游離核酸的量比較低昼蛀,最好選擇離心柱法。對(duì)于游離DNA含量較低的樣本或比較珍貴的樣本或樣本總數(shù)不是很多的實(shí)驗(yàn)室圆存,首選的核酸提取方法應(yīng)是離心柱法叼旋。
離心柱法游離DNA提取原理主要是樣本裂解后,DNA在高鹽條件下與硅膠膜結(jié)合沦辙,再在低鹽夫植、高PH值時(shí)將DNA從硅膠膜上洗脫下來(lái)。面對(duì)各種品牌的離心柱法提取試劑盒,哪種才是最適合的呢详民?目前國(guó)內(nèi)常用的離心柱法游離DNA提取試劑盒有國(guó)內(nèi)品牌Biog延欠、國(guó)際品牌Q、國(guó)內(nèi)品牌T等沈跨。我們以下就幾種游離DNA提取試劑盒進(jìn)行比較由捎。
[if !supportLists]一、[endif]有較高的提取得率饿凛。核酸提取得率的確定狞玛,常用的是使用紫外分光光度計(jì)的方法。但是涧窒,血清心肪、血漿樣本中游離核酸含量較低,如果直接用紫外法檢測(cè)纠吴,得出的數(shù)值并不準(zhǔn)確硬鞍,而且多次測(cè)量的結(jié)果會(huì)變異很大。關(guān)于提取得率戴已,Qiagen的研究數(shù)據(jù)是1ml正常血漿樣本cfDNA得為7.35ng左右固该,但如果白細(xì)胞大量凋亡,血漿中的游離DNA量會(huì)有所增加恭陡,腫瘤病人血漿中的DNA會(huì)大幅增加蹬音。有些研究者提取血漿核酸后習(xí)慣于先用紫外檢測(cè)濃度上煤,發(fā)現(xiàn)紫外檢測(cè)不出來(lái)或濃度很低時(shí)便認(rèn)為提取失敗休玩,放棄后面進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn),其實(shí)并不可取劫狠。我們可以把紫外讀數(shù)作為參考拴疤,但是不能作為判斷得率的唯一標(biāo)準(zhǔn),最好還是要做個(gè)PCR或熒光定量独泞。根據(jù)Qiagen公司的實(shí)驗(yàn)呐矾,血清血漿的量與提取的核酸量成正比。因而懦砂,如果要提高核酸得率蜒犯,可通過(guò)增加血清或血漿的量來(lái)實(shí)現(xiàn)。一般地荞膘,做血漿或血清核酸提取罚随,樣本量最好在1ml以上。如果1ml或更大量樣本得不到滿意的檢測(cè)結(jié)果羽资,則應(yīng)及時(shí)考慮更換提取試劑盒淘菩。目前國(guó)內(nèi)常用的血漿核酸提取試劑有國(guó)際品牌Q、國(guó)內(nèi)品牌T屠升、國(guó)產(chǎn)品牌Biog等潮改,我們實(shí)驗(yàn)室使用下來(lái)狭郑,Biog的核酸提取得率較高,1ml肺癌病人血漿樣本DNA得率在85ng左右汇在,Q的得率在72ng左右翰萨,T的得率在63ng左右,基本上都能滿足下游PCR實(shí)驗(yàn)的需求糕殉。當(dāng)然缨历,如此低的濃度直接測(cè)OD值不太容易,如果使用Nanodrop2000c糙麦,其檢測(cè)下限為2ng/ul辛孵。如洗脫液為30ul,則需要1ml左右的血漿才能檢測(cè)出來(lái)赡磅。顯然魄缚,如果是健康人的血漿,1ml血漿的DNA濃度更低焚廊,紫外可能根本就檢測(cè)不出來(lái)冶匹。因而,血漿DNA提取完成以后咆瘟,最好直接做PCR嚼隘,紫外檢測(cè)的意義不大。
[if !supportLists]二袒餐、[endif]提取的核酸純度高飞蛹。核酸純度一般根據(jù)OD260/OD280比值來(lái)判斷。一般說(shuō)來(lái)灸眼,試劑盒提取的DNA 其OD260/OD280比值應(yīng)在1.6--1.8之間卧檐。如果提取的DNA溶液OD260/OD280比值小于1.6,通常說(shuō)明有蛋白質(zhì)或酚焰宣、多糖等的污染霉囚。如果提取的DNA溶液OD260/OD280>1.9,則表明有RNA污染。使用Q公司血漿DNA提取試劑盒提取的血漿DNA, OD260/OD280一般在1.7-1.9之間匕积;使用Biog血漿游離DNA提取試劑盒提取的血漿DNA, OD260/OD280一般在1.6-1.9之間盈罐,使用T公司血漿DNA提取試劑盒提取的血漿DNA OD260/OD280比值也在1.6-1.9之間。Q公司提取DNA的純度似乎優(yōu)于國(guó)產(chǎn)試劑闪唆,但我們提取的DNA是用于PCR檢測(cè)盅粪,結(jié)果并無(wú)明顯影響“可能因?yàn)锽公司血漿游離DNA提取試劑盒提取的血漿DNA量得率較高的原因湾揽,同樣的DNA加樣體積(2ul),Biog試劑盒提取的DNA 熒光定量PCR檢測(cè)結(jié)果CT值要小于Q公司試劑盒提取的DNA。
[if !supportLists]三库物、[endif]操作簡(jiǎn)便性霸旗。操作簡(jiǎn)便性也是血漿DNA提取試劑選擇的一個(gè)重要因素。操作過(guò)于復(fù)雜戚揭,不僅費(fèi)時(shí)費(fèi)力诱告,還容易導(dǎo)致樣本間的交叉污染,也容易損失樣本民晒。特別是用于臨床檢測(cè)或樣本較多情況下的檢測(cè)精居,操作復(fù)雜如果導(dǎo)致交叉污染會(huì)引起誤診,還會(huì)影響出檢測(cè)報(bào)告的時(shí)間潜必。因而靴姿,選用操作簡(jiǎn)便、流暢的提取試劑盒非常重要磁滚。就我們?cè)?jīng)用過(guò)的以上三種提取試劑盒來(lái)說(shuō)佛吓,Q公司的血漿DNA提取試劑盒提取過(guò)程大約30min,從樣本處理開(kāi)始需要個(gè)10步驟垂攘;T公司血清/血漿游離DNA提取試劑盒整個(gè)提取過(guò)程需要約40min维雇,從樣本開(kāi)始處理10個(gè)步驟;B公司的Biog血漿游離DNA提取試劑盒提取過(guò)程大約25min晒他,從樣本開(kāi)始處理8個(gè)步驟吱型,B公司的血漿游離DNA提取試劑盒在操作簡(jiǎn)便性上具有一定優(yōu)勢(shì),更適合于較多樣本的檢測(cè)陨仅。據(jù)了解津滞,該產(chǎn)品已通過(guò)藥監(jiān)局備案,也更適合臨床樣本的檢測(cè)掂名。
綜合看來(lái)据沈,與國(guó)外知名品牌相比,國(guó)產(chǎn)試劑盒在血漿DNA提取純度上稍有不足饺蔑,但在提取得率和操作簡(jiǎn)便性上基本沒(méi)有區(qū)別,有些品牌還略有優(yōu)勢(shì)嗜诀,可根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求進(jìn)行選擇猾警。對(duì)純度要求較高的實(shí)驗(yàn),可選擇Q等國(guó)外知名品牌隆敢,如果對(duì)提取量要求較高或提取后主要進(jìn)行PCR或分子雜交之類的實(shí)驗(yàn)发皿,可考慮選擇Biog等國(guó)產(chǎn)品牌。