基因家族是最近比較火的一個研究話題陋守，被稱為打開生物學(xué)問題百寶箱的鑰匙甜紫，接下里幾周抽時間和大家簡單分享一些我最近學(xué)到的東西。
基本概念介紹
基因家族（gene family）乡翅，是來源于同一個祖先铃将，由一個基因通過基因重復(fù)而產(chǎn)生兩個或更多的拷貝而構(gòu)成的一組基因，它們在結(jié)構(gòu)和功能上具有明顯的相似性，編碼相似的蛋白質(zhì)產(chǎn)物耗帕， 同一家族基因可以緊密排列在一起，形成一個基因簇袱贮，但多數(shù)時候仿便，它們是分散在同一染色體的不同位置，或者存在于不同的染色體上的攒巍，各自具有不同的表達調(diào)控模式嗽仪。
按功能劃分：把一些功能類似的基因聚類，形成一個家族窑业，例如GH家族（糖苷水解酶家族）等钦幔。
按照序列相似程度劃分：一般將同源的基因放在一起認(rèn)為是一個家族，一般使用orthoMCL進行聚類
motif是蛋白質(zhì)分子具有特定功能的或者作為一個獨立結(jié)構(gòu)域一部分相近的二級結(jié)構(gòu)聚合體
常見的基因家族例子（以植物的為例）
NBS-LRR抗病基因家族： NBS-LRR(nucleotide-binding site and leucine-rich-repeat)是植物中最大類抗病基因家族之一常柄。
MADS-box基因家族是植物體內(nèi)的重要轉(zhuǎn)錄因子,它們廣泛地調(diào)控著植物生長鲤氢、發(fā)育和生殖等過程。在植物中參與花器官的發(fā)育西潘，開花時間的調(diào)節(jié)卷玉，在果實、根喷市、莖相种、葉的發(fā)育中都起著重要的作用。
熱激蛋白70家族(HSP70)是一類在植物中高度保守的分子伴侶蛋白,在細胞中協(xié)助蛋白質(zhì)正確折疊品姓。
鈣依賴蛋白激酶(CDPK)是一類僅依賴Ca2+而不依賴鈣調(diào)素的蛋白激酶,參與調(diào)控多種信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑,而膜結(jié)合脂肪酸脫氫酶(membrane-bound FAD)是一類不飽和脂肪酸合成途徑的關(guān)鍵酶寝并。
這兩類基因分別在低溫環(huán)境脅迫下的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和穩(wěn)定質(zhì)膜性質(zhì)中起著非常重要的作用箫措。
WRKY基因家族是植物前十大蛋白質(zhì)家族之一，大量研究表明衬潦， WRKY 基因家族的許多成員參與調(diào)控植物的生長發(fā)育斤蔓、形態(tài)建成與抗病蟲等。
常規(guī)的基因家族分析流程
在這些常規(guī)的生信分析后镀岛，一般的文章還會加上一些濕實驗去驗證弦牡，例如不同非生物條件下基因家族的表達等(PCR為主)。
最近發(fā)表的基因家族文獻
如果你想研究基因家族漂羊，閱讀別人的文獻驾锰，從中體會其研究的思路與方法是必不可少的，下面給大家推薦一些近期發(fā)表的文章走越。
auxin response factor gene family
這周主要是熱一熱身椭豫，后面會按照每個生信分析的點，結(jié)合實例詳細給大家介紹如何進行基因家族的生物信息分析买喧。敬請期待捻悯！
參考鏈接：https://www.zhihu.com/question/59831019/answer/180395918
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