起因
- 運行以下
RunHarmony()時報錯睡蟋，可是代碼以前能跑的梅屉，唯一的不同就是換了服務(wù)器
seuratObj <- RunHarmony(sce, "orig.ident")
Error in harmonyObj$cluster_cpp() :
element-wise pow(): incompatible matrix dimensions: 100x6 and 6x1
處理過程
方案一 ?：重裝
- 該問題比較新舞竿，根據(jù)Github解決方案 [1]搀捷，首先運行以下代碼重裝harmony：
devtools::install_github("eddelbuettel/harmony",force = TRUE)
devtools::install_github("immunogenomics/harmony",force = TRUE)
方案二 ?：Live Support
- 官方在上述issue中提出與官方聯(lián)系 [2]
- 我聯(lián)系了锅很，但是問題提交的時候一直處于
Submitting…
方案三 ?：Rcpp版本問題
- 從一開始的解決方案里其馏，有人提出是
Rcpp包的版本問題 [3]
- 于是查看
Rcpp包的版本 [4]
packageVersion('Rcpp')
[1] ‘1.0.9’
- 嗯，有可能是版本問題……
- 安裝舊版本的Rcpp
- 因為我查看自己電腦上的R版本是1.0.7爆安，所以安裝了一樣的以防萬一
devtools::install_version("Rcpp", version = "1.0.7", repos = "[http://cran.us.r-project.org](http://cran.us.r-project.org/)")
- 再一次查看版本還是
1.0.9
- 推測可能是已經(jīng)加載過
devtools包的緣故
- 因為在把所有R包全部卸載的情況下叛复，首先安裝
devtools，然后查看Rcpp包版本顯示1.0.9
- 此時無法加載剛安裝的
Rcpp包
Package ‘Rcpp’ version 1.0.9 cannot be unloaded ……
- 清除環(huán)境加載的R包重啟Rstudio或上邊欄
Session-Restart R，此時所有R包都會unload
library("Rcpp")
packageVersion('Rcpp')
[1] ‘1.0.7’
- 皆大歡喜：职隆？г拧！
- 然后繼續(xù)安裝其他R包撬码！
- 此方法適用于沒安裝多少包的
- 如果安裝了儿倒，應(yīng)該可以通過unload所有包，然后重新加載實現(xiàn)呜笑。有些依賴高版本的Rcpp的R包夫否，可能需要重新下載
- 繼續(xù)運行
RunHarmony()就沒問題了
補充
查看R包版本方法
packageVersion('Seurat')
sessionInfo('Seurat')
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