用于TCMSP 找不到的目標(biāo)中藥的補(bǔ)充门驾。
參考:
中藥復(fù)方網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué):9. 1 TCMSP找不到目標(biāo)中藥怎么辦射赛?(一)
原則
1)進(jìn)行靶點(diǎn)預(yù)測(cè)時(shí),不要將TCMSP 數(shù)據(jù)庫(kù)與其他數(shù)據(jù)庫(kù)混著用猎唁。不同的平臺(tái)算法不同咒劲,得到的結(jié)果也存在差異。
2)TCMSP 數(shù)據(jù)庫(kù)藥物信息大部分來(lái)源drugbank诫隅, 還是比較可靠腐魂。
化源網(wǎng)
可以直接搜索相應(yīng)的中藥。
缺點(diǎn)是搜索到的結(jié)果都是單體逐纬,難以歸類蛔屹。
上海有機(jī)所化學(xué)專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)
http://www.organchem.csdb.cn/scdb/default.asp
提供類似TCMSP 的| 中藥與有效成分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù) |
Swiss數(shù)據(jù)庫(kù)
http://www.reibang.com/p/35c8645b12a5
除了靶點(diǎn)預(yù)測(cè)之外,還有一個(gè)ADME 預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)庫(kù)豁生。
http://www.swissadme.ch/index.php
swiss的篩選標(biāo)準(zhǔn)一般是類藥性中至少有兩個(gè)yes兔毒。且
GI absorption
需要為high
如果對(duì)于藥物作用部位有特殊要求,如治療腦病甸箱,則還需要考慮其他參數(shù)育叁,如BBB等。
一般swiss 數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)果可以作為TCMSP 不足的首選芍殖。
BATMAN-TCM數(shù)據(jù)庫(kù)
BATMAN-TCM數(shù)據(jù)庫(kù) http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/
非澈浪裕可愛(ài)的logo,戴了葉子的batman (hhh
優(yōu)點(diǎn)是提供了網(wǎng)絡(luò)化分析與KEGG和gene ontology 的額外分析。
缺點(diǎn)是靶點(diǎn)不如TCMSP 來(lái)的全面龟梦。
ETCM 數(shù)據(jù)庫(kù)
比較新的數(shù)據(jù)庫(kù)隐锭,個(gè)人感覺(jué)界面設(shè)計(jì)挺不錯(cuò)的。
涉及到的內(nèi)容應(yīng)該是最全面的了计贰,還包括一些中醫(yī)藥的說(shuō)明钦睡。
數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)源:TCM-MESH, HIT, TCM-ID
但是藥物成分和藥物靶點(diǎn)信息還是少了許多,目前來(lái)說(shuō)參考文獻(xiàn)不大躁倒。
YaTCM 數(shù)據(jù)庫(kù)
http://cadd.pharmacy.nankai.edu.cn/yatcm/home
提供多種分析方式荞怒,但目前似乎無(wú)法使用。
通過(guò)論文查找
一般找綜述類文章且發(fā)表在權(quán)威期刊上的文章樱溉。
ps: 除此之外還有一個(gè)中國(guó)國(guó)家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心做的生物類數(shù)據(jù)庫(kù)目錄挣输。對(duì)于數(shù)據(jù)庫(kù)整合和數(shù)據(jù)庫(kù)查找,看起來(lái)還是不錯(cuò)的福贞。
https://bigd.big.ac.cn/