生信星球?qū)W習(xí)小組--Day 3

昨天學(xué)習(xí)了linux的召喚方法和基本的命令行使用壕吹,今天我們進(jìn)入到了conda的學(xué)習(xí)。
先來(lái)了解一下什么是conda

功能:

conda就相當(dāng)于A(yíng)PP store算利,可以視為“l(fā)inux的應(yīng)用商店”泳姐,90%以上的軟件可以搜索到暂吉,支持一鍵安裝。

分類(lèi):

conda 通用包管理系統(tǒng),可構(gòu)建和管理任何語(yǔ)言和任何類(lèi)型的軟件
anaconda 打包的集合阎肝,里面預(yù)裝好了conda肮街、某個(gè)版本的python、眾多packages沛硅、科學(xué)計(jì)算工具等等绕辖,就是把很多常用的不常用的庫(kù)都給你裝好了
miniconda 主要負(fù)責(zé)生信領(lǐng)域,只包含最基本的內(nèi)容——python與conda仪际,以及相關(guān)的必須依賴(lài)項(xiàng),用其他庫(kù)需要自己安裝

conda中的關(guān)鍵代碼

conda list 查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表
conda search 軟件名 搜索conda軟件
conda install 軟件名 -y 安裝軟件肯适,(-y是yes疹娶,安裝中的問(wèn)題全部回答yes
conda remove 軟件名 -y 卸載軟件
conda info --envs 查看當(dāng)前conda環(huán)境
conda active 環(huán)境名 激活conda環(huán)境
conda deactive 退出當(dāng)前環(huán)境
conda create -n 環(huán)境名 Python=制定版本 軟件名 -y 創(chuàng)建制定Python版本的環(huán)境伦连,并安裝軟件

安裝miniconda的方法

1.復(fù)制清華鏡像下對(duì)應(yīng)版本的miniconda鏈接(Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh)
(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh)
2.wget+鏈接
3.bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
4.source ~/.bashrc 激活conda
5.添加鏡像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
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