這是一個(gè)很簡(jiǎn)單的訴求斥杜，可以用的方法有很多虱颗，今天談一下MotifStack.
介紹鏈接：MotifStack
先弄清楚，motif的矩陣格式蔗喂。
DNA motif
矩陣數(shù)據(jù)
大家應(yīng)該看明白了忘渔，motif的矩陣格式為：橫軸為對(duì)應(yīng)堿基位置，縱軸為ACGT的概率缰儿。
故所有其他格式的矩陣畦粮，都要換為這個(gè)格式。
我用的代碼如下:
##將原文件行列互換另存為ipt.txt
rm(list=ls())
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("motifStack")
suppressPackageStartupMessages(library(motifStack))
a <- read.table("~/Documents/R/motif/ipt.txt", sep="") #讀取矩陣
rownames(a) <- c("A","C","G","T") #插入rowname
motif2 <- new("pcm", mat=as.matrix(a), name="ybx1-d")
plot(motif2)
rna <- a
rownames(rna)[4] <- "U" #將DNA的T變成RNA的U乖阵。
motif3 <- new("pcm", mat=as.matrix(rna), name="ybx1")
plot(motif3)
相當(dāng)簡(jiǎn)單宣赔。其他方法也能畫(huà)logo，但是rna-logo瞪浸，用這個(gè)比較容易實(shí)現(xiàn)儒将。
