<轉(zhuǎn)錄組>使用fastp對NCBI下載的SRA數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控

1 、fastp軟件的安裝

wget http://opengene.org/fastp/fastp

chmod a+x ./fastp

2毅该、數(shù)據(jù)質(zhì)控

雙端測序

/public/home/ZCH_luxm/software/fastp -i /public/home/ZCH_luxm/NCBI/2_fq/SRR13413579_1.fastq.gz -o /public/home/ZCH_luxm/NCBI/2_fq/SRR13413579_1clean1.fastq.gz -I /public/home/ZCH_luxm/NCBI/2_fq/SRR13413579_2.fastq.gz -O /public/home/ZCH_luxm/NCBI/2_fq/SRR13413579_2clean1.fastq.gz --compression 9

參數(shù)設(shè)定:

-z 5 設(shè)置gzip壓縮級別庶灿,默認(rèn)4,1~9 1快-9小

--json 設(shè)置輸出json文件名

--html 設(shè)置輸出html文件名

3也搓、批量處理數(shù)據(jù)(以PBS作業(yè)提交服務(wù)器)

[ZCH_luxm@login NCBI]$ cat /public/home/ZCH_luxm/NCBI/fastp.pbs

#PBS

#PBS -N fastp

#PBS -l nodes=1:ppn=5

#PBS -q batch

#PBS -o /public/home/ZCH_luxm/NCBI

#PBS -e /public/home/ZCH_luxm/NCBI

#!/bin/bash

for i in 655 868 874 879 918 924;do

{

/public/home/ZCH_luxm/software/fastp -i /public/home/ZCH_luxm/NCBI/2_fq/SRR3823${i}_1.fastq.gz -o /public/home/ZCH_luxm/NCBI/2_fq/SRR3823${i}_1clean.fastq.gz -I /public/home/ZCH_luxm/NCBI/2_fq/SRR3823${i}_2.fastq.gz -O /public/home/ZCH_luxm/NCBI/2_fq/SRR3823${i}_2clean.fastq.gz -h public/home/ZCH_luxm/NCBI/2_fq/SRR3823${i}.hxml -j public/home/ZCH_luxm/NCBI/2_fq/SRR3823${i}.json

}

done

參考鏈接

https://github.com/OpenGene/fastp#or-download-binary-only-for-linux-systems-httpopengeneorgfastpfastp

http://www.reibang.com/p/762601f91539

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
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