1.創(chuàng)建PBS腳本
#如何在linux下創(chuàng)建一個可運(yùn)行shell腳本
#新建一個.sh文件
touch cellranger.count.sh
#編輯test.sh文件
vi test.sh
#鍵入i，輸入內(nèi)容;#!/bin/sh必須放在第一行;然后鍵入esc鍵,輸入:wq保存退出
#給test.sh賦予可執(zhí)行權(quán)限
chmod +x test.sh?
#執(zhí)行腳本
sh test.sh?
PBS腳本格式：PBS腳本為.pbs文件齐鲤，將提交任務(wù)的命令寫在PBS腳本中提交，PBS腳本由抬頭的任務(wù)詳情和具體命令組成：
抬頭任務(wù)詳情格式：
#PBS -N myjob
#PBS -o /home/jz/my.out
#PBS -e /home/jz/my.err
#PBS –l nodes=2:ppn=1
#########################創(chuàng)建自己的
這里的#不是注釋的意思
#PBS -N cellranger.f
#PBS -o?/home/yifan/project/LJ.22.02.sc/cellranger/my.out
#PBS -e /home/yifan/project/LJ.22.02.sc/cellranger/my.err
#PBS –l nodes=2:ppn=1
cd /home/yifan/project/LJ.22.02.sc
for id in KOAC KONC WTAC WTNC
do
/home/yifan/software/cellranger-6.1.2/cellranger count --localcores=40 --localmem=120 --id=${id}2 --transcriptome=/home/yifan/data/ref/cellranger.mm10/refdata-gex-mm10-2020-A --nosecondary --fastqs=/home/yifan/project/LJ.22.02.sc --sample=${id}
done
2.qsub提交腳本
一般格式：qsub+ 腳本名稱蚪燕，
如：qsub myname.pbs
cd /home/yifan/project/LJ.22.02.sc
qsub cellranger.count.sh
65690.mu01? #給出了任務(wù)號
3.qstat 命令：用于查詢作業(yè)狀態(tài)信息
命令格式：qatat[-f][-a][-i] [-n][-s] [-R] [-Q][-q][-B][-u]
qstat -an
參數(shù)說明：
-f jobid 列出指定作業(yè)的信息
-a 列出系統(tǒng)所有作業(yè)
-i 列出不在運(yùn)行的作業(yè)
-n 列出分配給此作業(yè)的結(jié)點(diǎn)
-s 列出隊(duì)列管理員與scheduler 所提供的建議
-R 列出磁盤預(yù)留信息
-Q 操作符是destination id稀余，指明請求的是隊(duì)列狀態(tài)
-q 列出隊(duì)列狀態(tài)滤淳，并以alternative 形式顯示
-au userid 列出指定用戶的所有作業(yè)
-B 列出PBS Server 信息
-r 列出所有正在運(yùn)行的作業(yè)
-Qf queue 列出指定隊(duì)列的信息
-u 若操作符為作業(yè)號赏半，則列出其狀態(tài)哆档。
若操作符為destination id蔽挠，則列出運(yùn)行在其上的屬于user_list中用戶的作業(yè)狀態(tài)。
例：# qstat -f 211 查詢作業(yè)號為211 的作業(yè)的具體信息瓜浸。
