nFeature_RNA is the number of genes detected in each cell.
nFeature_RNA
是每個細胞中檢測到的基因數(shù)nCount_RNA is the total number of molecules detected within a cell.
nCount_RNA
是一個細胞中檢測到的分子總數(shù)Low nFeature_RNA for a cell indicates that it may be dead/dying or an empty droplet.
nFeature_RNA
低表明這可能是一個已死亡或即將死亡的細胞颗味,或者是個空液滴High nCount_RNA and/or nFeature_RNA indicates that the "cell" may in fact be a doublet (or multiplet).
nFeature_RNA
或者nCount_RNA
高則說明這個“細胞”可能實際上這個液滴包含兩個及以上細胞In combination with %mitochondrial reads, removing outliers from these groups removes most doublets/dead cells/empty droplets, hence why filtering is a common pre-processing step.
和線粒體reads綜合來看,從這些組中去除異常值可以剔除多數(shù)雙峰、死細胞哄酝、空液滴宴猾。因此過濾是一個常見的預(yù)處理步驟The NormalizeData step is basically just ensuring expression values across cells are on a comparable scale. By default, it will divide counts for each gene by the total counts in the cell, multiply that value for each gene by the scale.factor (10,000 by default), and then natural log-transform them.
默認情況下历葛,NormalizeData
將每個基因的計數(shù)除以細胞中的總計數(shù)会烙,將每個基因的值乘以 scale.factor(默認為 10,000)耀里,然后對它們進行自然對數(shù)變換
seurat基礎(chǔ)
最后編輯于 :
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
- 文/潘曉璐 我一進店門,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來话肖,“玉大人北秽,你說我怎么就攤上這事±俏” “怎么了羡儿?”我有些...
- 文/不壞的土叔 我叫張陵,是天一觀的道長是钥。 經(jīng)常有香客問我掠归,道長,這世上最難降的妖魔是什么悄泥? 我笑而不...
- 正文 為了忘掉前任虏冻,我火速辦了婚禮,結(jié)果婚禮上弹囚,老公的妹妹穿的比我還像新娘厨相。我一直安慰自己,他們只是感情好鸥鹉,可當我...
- 文/花漫 我一把揭開白布蛮穿。 她就那樣靜靜地躺著,像睡著了一般毁渗。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪践磅。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上,一...
- 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼疟暖,長吁一口氣:“原來是場噩夢啊……” “哼!你這毒婦竟也來了田柔?” 一聲冷哼從身側(cè)響起誓篱,我...
- 正文 年R本政府宣布,位于F島的核電站另锋,受9級特大地震影響滞项,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏。R本人自食惡果不足惜夭坪,卻給世界環(huán)境...
- 文/蒙蒙 一文判、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望。 院中可真熱鬧室梅,春花似錦戏仓、人聲如沸。這莊子的主人今日做“春日...
- 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽。三九已至间涵,卻和暖如春仁热,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間,已是汗流浹背浑厚。 一陣腳步聲響...