工作日記
輸出結果
我看到這個結果一臉蒙蔽。浴鸿。。弦追。
決定把這個ENSG號轉化為基因名岳链，結果發(fā)現很麻煩～
于是再用htseq-count -h 查詢，發(fā)現人家明明可以輸出基因名劲件。
--additional-attr ADDITIONAL_ATTR [ADDITIONAL_ATTR ...]
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Additional feature attributes (default: none, suitable
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? for Ensembl GTF files: gene_name)
以及可以不用看糟心的工作日記
?-q, --quiet? ? ? ? ? suppress progress report
htseq-count --additional-attr=gene_name -s no -r pos -f bam ~/rna_seq_analysis/aligned/SRR5894155_sorted.bam ~/rna_seq_analysis/human_genome/gencode.v28lift37.annotation.sorted.gff3 > ~/rna_seq_analysis/aligned/SRR5894155.count
