ChIP-seq（一）：軟件安裝哨鸭、索引文件構(gòu)建

參考RNA-seq篇：
RNA-seq（一）：軟件安裝 - 簡書 (jianshu.com)

1 軟件安裝

conda install -c bioconda fastp bowtie2  samtools macs2 homer

2構(gòu)建索引文件

2.1 下載參考基因組

wget -c  http://ftp.ensembl.org/pub/release-107/fasta/mus_musculus/dna/Mus_musculus.GRCm39.dna.toplevel.fa.gz

解壓

gunzip Mus_musculus.GRCm39.dna.toplevel.fa.gz

2.2 構(gòu)建索引文件

bowtie2-build --threads 4 Mus_musculus.GRCm39.dna.toplevel.fa GRCm39

也可以在比對軟件Bowtie2主頁直接下載索引文件

wget -c https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/GRCm38.zip

解壓為以下6個文件


Bowtie2 index

參考資料：

我的第一次ChIP-seq實踐 (qq.com)
一文講明白ChIP-seq：高分文章里為什么做ChIP-seq? - 知乎 (zhihu.com)

最后編輯于 ：
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