生信星球?qū)W習(xí)小組第29期 Day5

數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的學(xué)習(xí)

基礎(chǔ)知識(shí)

  • R的賦值符號(hào)不是=,而是<-
  • Console控制臺(tái)=Linux命令行
  • R的代碼都是帶括號(hào)么夫,英文格式
  • 顯示工作路徑 getwd();設(shè)置工作路徑 setwd(dir="C:/Users/xxx/xxxx/xxx")
  • 向量是元素組成肤视,元素可以是數(shù)字或字符串
  • 表格在R語(yǔ)言中叫"數(shù)據(jù)框“
  • 理解命令和函數(shù)的意義档痪,不會(huì)用可以百度/谷歌或?read.table 看看example
  • 數(shù)據(jù)類(lèi)型:向量(vector);矩陣(matrix)邢滑;數(shù)組(array)腐螟;數(shù)據(jù)框(data frame);List

一困后、向量

1. 標(biāo)量和向量的區(qū)分

元素:數(shù)字/字符串
標(biāo)量:一個(gè)元素組成的變量乐纸, 例:1/huahua
向量:多個(gè)元素組成的變量(一排有序排列的元素),例:c(1,2,3)/c("doudou","huahua","yu")

給變量賦值
x<- c(1,2,3) 將x定義為由元素1摇予,2汽绢,3,組成的向量
x<- 1:10 從1-10之間所有的整數(shù)
x<- seq(1,10,by = 0.5) 1-10之間每隔0.5取一個(gè)數(shù)
x<- rep(1:3,times=2) 1-3 重復(fù)2次

2. 從向量中提取元素

(1)根據(jù)元素位置

x[4] x第4個(gè)元素
x[-4] 除了第4個(gè)元素之外剩余的元素
x[2:4] 第2到4個(gè)元素
x[-(2:4)] 除了第2-4個(gè)元素
x[c(1,5)] 第1個(gè)和第5個(gè)元素

(2)根據(jù)值

x[x==10] 等于10的元素
x[x<0] 小于0的元素侧戴?
x[x %in% c(1,2,5)] 存在于向量c(1,2,5)中的元素

二宁昭、數(shù)據(jù)框

Tips:將示例數(shù)據(jù)放在工作目錄下

(1)讀取本地?cái)?shù)據(jù)

read.table(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T) 讀取文件,分隔符為T(mén)ab, 有表頭
a<-read.table(file = "huahua.txt",sep =" ",header =T) 把這個(gè)數(shù)據(jù)框賦給一個(gè)變量a
或者
X<-read.csv('doudou.txt') 獲得示例數(shù)據(jù)框 (我也覺(jué)得read.csv好用些)

(2)設(shè)置行名和列名

colnames(X) 查看列名
rownames(X) 查看行名
colnames(X)[1]<-"bioplante" 不太懂這個(gè)?
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1) row.names 修改第一列為行名

(3)數(shù)據(jù)框的導(dǎo)出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)

(4)變量的保存與重新加載

save.image(file="bioinfoplanet.RData") 保存當(dāng)前變量
save(frame1,file="frame1.RData") 保存其中一個(gè)變量
load("frame1.RData) 再次使用RData時(shí)的加載命令

(5)提取元素

X[x,y] 第x行第y列
X[x,] 第x行
X[,y] 第y列
X[y] 第y列
X[a:b] 第a列到第b列
X[c(a,b)] 第a列和第b列
X$列名 提取一列

(6)直接使用數(shù)據(jù)框中的變量

提取某兩列做散點(diǎn)圖:
a <-data.frame(case=paste("S",c(1:50)),values=runif(50)) plot(a$case,a$value)

其他方法:

  • attach: attach(a)
    plot(case,values)
  • with: with(a,{ plot(case,values) x<<-summary(values) }) x
    這個(gè)沒(méi)太懂

三酗宋、一些問(wèn)題

1. Data Frame

Data Frame=數(shù)據(jù)框=R中的表(由行和列組成)

2. with&without 不太懂

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