學習小組Day6筆記--AOK

R包學習-dplyr

生信星球Day6-R包.png

一朴恳、安裝和加載R包

1.鏡像設置:

參考 你還在每次配置Rstudio的下載鏡像嗎?

2.安裝:

CRAN:install.packages(“包”) 或者 Biocductor: BiocManager::install(“包”)

3. 加載:

library(包)require(包)

#示例:
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
install.packages("dplyr")
library(dplyr)

二邀摆、dplyr五個基礎函數(shù)

(以下示例數(shù)據(jù)皆為 內置數(shù)據(jù)集iris的簡化版: test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]

原始狀態(tài)

1. 新增列 :mutate()

新增列

2. 按列篩選 :select()

2.1 按列號篩選

按列號

2.2 按列名篩選

按列名篩選.png
差別在這里:

選擇 字符向量 中的列鞍爱,select中不能直接使用字符向量篩選茬缩,需要使用one_of函數(shù)

3. 篩選行:filter()

按行篩選

4. 按某1列或某幾列對整個表格進行排序: arrange()

排列.png

5.匯總/計算:summarise()

*結合group_by使用實用性強

匯總.png

三献酗、dplyr兩個實用技能

1. 管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)

一次性完成了上面的步驟

%>%管道操作符挣棕,運用起來特別方便宝泵,能夠連接前后兩個步驟丛肮,實現(xiàn)嵌套使用簡化代碼的同時還能避免存儲多余的中間值而節(jié)省內存空間墙牌。它的作用是把符號左側返回的結果涡驮,作為符號右側調用函數(shù)的第1個參數(shù)。

  • 加載任意一個tidyverse包即可用管道符號

Tidyverse包是一個數(shù)據(jù)科學套件喜滨,讓數(shù)據(jù)工作流變得更加簡單和高效捉捅。包括:

  • dplyr包:用于數(shù)據(jù)操作和處理,常用的函數(shù)filter(), select(), mutate(), arrange(), group_by()虽风, summarise()等棒口,非常高效地完成數(shù)據(jù)選擇、排序辜膝、聚合无牵。
  • ggplot2包:用于數(shù)據(jù)可視化。
  • tidyr包:用于數(shù)據(jù)的整潔厂抖。pivot_longer()函數(shù)把數(shù)據(jù)轉換為長數(shù)據(jù)茎毁;pivot_wider()函數(shù)把數(shù)據(jù)轉換為寬數(shù)據(jù)。
  • readr包:用于數(shù)據(jù)的讀取忱辅。
  • forcats包:用于因子類型的管理七蜘。
  • purrr包:用于函數(shù)式編程

2. count統(tǒng)計某列的unique值


四、dplyr處理關系數(shù)據(jù)

(以下示例數(shù)據(jù)設置)

數(shù)據(jù)設置

1. 內連inner_join:取交集

內連

2. 左連left_join

左連

3. 全連full_join

全連

4. 半連接:返回能夠與y表匹配的x表所有記錄semi_join

半連接

5. 反連接:返回無法與y表匹配的x表的所記錄anti_join

反連接.png

6. 簡單合并

數(shù)據(jù)準備.png
簡單連接.png

以上
From 生信星球學習小組第130期

參考:

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