配置鏡像源
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #對應(yīng)清華源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #對應(yīng)中科大源
file.edit('~/.Rprofile') #在Rprofile運(yùn)行上兩行代碼即可
options()BioC_mirror #檢驗(yàn)鏡像源配置
R包安裝
install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”) #區(qū)別在于是在CRAN還是Bioconductor
加載包
library(包)
require(包)
dplyr基礎(chǔ)函數(shù)（test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),] 示例數(shù)據(jù)）
mutate() #新增列
mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) #test是文件名贾富，后面是操作
select() #按列篩選
select(test,Sepal.Length)
filter() 篩選行
filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )
arrange(),按某1列或某幾列對整個(gè)表格進(jìn)行排序
arrange(test, Sepal.Length) #默認(rèn)從小到大
arrange(test, desc(Sepal.Length)) #加desc從大到小
summarise()：匯總
summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length)) #mean平均歉眷，sd標(biāo)準(zhǔn)差
summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length)) #搭配group_by使用
管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)
- 管道運(yùn)算符 %>% 的意思是：將左邊的運(yùn)算結(jié)果，以輸入的方式傳給右邊函數(shù)
- x %>% f() %>% g() # 等同于 g(f(x)) 先對 x 進(jìn)行 f 操作 , 接著對結(jié)果進(jìn)行 g操作
e.g. test %>% group_by(Species) %>% summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
count統(tǒng)計(jì)某列的unique值
count(test,Species)
dplyr處理關(guān)系數(shù)據(jù)
stringsAsFactors = F #即將2個(gè)表進(jìn)行連接颤枪，注意：不要引入factor
test1 <- data.frame(x = c('b','e','f','x'), z = c("A","B","C",'D'),stringsAsFactors = F) #data.frame 創(chuàng)建數(shù)據(jù)框
內(nèi)連inner_join,取交集
inner_join(test1, test2, by = "x")
左連left_join
left_join(test1, test2, by = 'x') 與 left_join(test2, test1, by = 'x') 有區(qū)別汗捡，以前面那個(gè)為準(zhǔn)
全連full_join
full_join( test1, test2, by = 'x') x全都有，但是剩下的參數(shù)都以test1的x為準(zhǔn)
半連接：返回能夠與y表匹配的x表所有記錄semi_join
semi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')
反連接：返回?zé)o法與y表匹配的x表的所記錄anti_join
anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')
簡單合并
bind_rows()函數(shù)需要兩個(gè)表格列數(shù)相同畏纲，而bind_cols()函數(shù)則需要兩個(gè)數(shù)據(jù)框有相同的行數(shù)
bind_rows(test1, test2) #合并行扇住，需列數(shù)相同
bind_cols(test1, test3) #合并列，需行數(shù)相同
