前面的教程已經(jīng)進行了WGCNA分析并將各個模塊的網(wǎng)絡(luò)圖繪制文件導(dǎo)出，接下來將進行共表達網(wǎng)絡(luò)的繪制阳准，本次教程依舊根據(jù)PlantTech的Cytoscape課程編寫，希望對大家有所幫助筋蓖。
WGCNA教程
1.數(shù)據(jù)導(dǎo)入
WGCNA分析后有許多模塊携茂，我選擇上次分析中與Luminal 亞型最相關(guān)的pink模塊進行分析。
打開cytoscape鳄橘， 選擇File>import>import network from file,打開WGCNA分析中得到的CytoscapeInput-edges-pink.txt文件，可以看到如下界面
接下來我們需要修改每個表頭（每一列的屬性）芒炼，改成如下即可
可以看到做出來的網(wǎng)絡(luò)非常丑瘫怜，不著急，下一步進行網(wǎng)絡(luò)的修改本刽，美化一下
2.修改網(wǎng)絡(luò)
點擊Tools>networkanalyzer>network analysis>analyze network彈出以下界面
選擇第二個的無方向網(wǎng)絡(luò)鲸湃，接著選擇node degree distribution，點擊下方的Visualize Parameters子寓。
出現(xiàn)四個選擇項：上邊兩個是調(diào)節(jié)node的暗挑，下邊兩個是調(diào)節(jié)edge的，大家可以根據(jù)自己的需要去選擇斜友。
可以看到所有的node已經(jīng)根據(jù)節(jié)點數(shù)的多少有不同的大小炸裆。
在最下方的表格中將數(shù)據(jù)按照節(jié)點數(shù)目排序，將大于100的node選出鲜屏，在name一列選擇相應(yīng)的node然后右鍵select node from selected rows可以將想要的node選出烹看，然后拖拽到合適的位置国拇。
選中degree大于100的所有點，點擊layout>circular layout>select node only ,將選中的nodes按照圓形排列
出現(xiàn)了奇怪的圖惯殊，點擊layout>setting,設(shè)置Circle size的大小酱吝，可以設(shè)置圓的大小。
最后土思，我們再修改一下node和egde的顏色
左側(cè)的設(shè)置欄我們可以修改node的顏色以及標(biāo)簽的顏色
然后點擊下方的edge务热，修改edge的狀態(tài)。在做WGCNA分析時浪漠，不同基因的之間的相關(guān)度有一個weight值陕习，我們可以根據(jù)weight值的大小判斷兩個基因之間的相關(guān)性。
將Edge color to arrows打鉤址愿，選擇最上方的Color（Unselected）選項该镣。column選擇weight，mapping type選擇continuous mapping選項
點擊那個漸變的色塊响谓，我們可以修改顏色
點擊上面的三個小箭頭伟件，然后點擊下方的Edge Color鼠锈，可以對不同位置的顏色進行修改颁股。
最后放上成品圖狗准，可能有點丑，大家根據(jù)自己的需要自行修改即可
3.數(shù)據(jù)導(dǎo)出
最后赖晶，我們可以將網(wǎng)絡(luò)的表格文件和網(wǎng)絡(luò)圖導(dǎo)出
首先導(dǎo)出網(wǎng)絡(luò)表格律适，點擊最右側(cè)的export，將表格文件導(dǎo)出至想要的位置即可
接下來是導(dǎo)出圖片遏插，選擇file>export>network to image,選擇想要的圖片文件格式捂贿，需要注意，保存圖片時其實是對主界面進行一個截圖操作胳嘲，先將網(wǎng)絡(luò)調(diào)成自己想要的大小然后再導(dǎo)出即可
最后我們也可以將圖例導(dǎo)出厂僧，選擇create legend，保存想要的圖例格式即可
后記
該課程主要借鑒了PlantTech的Cytoscape課程編寫了牛，視頻我已下載颜屠，大家有需要可以去百度云下載（提取碼：5z41）
視頻壓縮包解壓密碼是我博客about界面下的一行小字（出自《蒲公英女孩》，標(biāo)點是英文）鹰祸，如果鏈接炸了去博客找我聯(lián)系方式甫窟。
網(wǎng)絡(luò)圖繪制教程個人感覺還是用視頻教程更好，目前有錄制視頻的打算福荸，錄制好之后我會放到B站蕴坪，主要還是看自己的時間允不允許。
轉(zhuǎn)載請注明周小釗的博客>>基因共表達網(wǎng)絡(luò)圖的繪制
