莎莎寫于2020.5.14?作為單元課第一個(gè)要學(xué)的數(shù)據(jù)庫(kù):Oncomine 我竟然不知道它继控,而且拖到現(xiàn)在都沒(méi)有去學(xué)械馆,果然出來(lái)混都是要還的嚶嚶嚶??實(shí)驗(yàn)部分剛開(kāi)始進(jìn)行,生信這邊也不能丟到一邊不管武通,畢竟是和老師說(shuō)過(guò)我的宏圖壯志的霹崎,怎么能就這么說(shuō)過(guò)了就不管了呢。所以還是要抓住時(shí)間趕緊先學(xué)起來(lái)??
Oncomine網(wǎng)址:https://www.oncomine.or
1.注冊(cè)與登錄
第一次打開(kāi)冶忱,是這樣的
主頁(yè)面介紹
注冊(cè)
我打開(kāi)了注冊(cè)界面
注冊(cè)成功
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但是我用我的學(xué)校郵箱沒(méi)有注冊(cè)成功尾菇,不知道什么原因~
后續(xù):昨晚一直在和Oncomine的Support發(fā)郵件問(wèn)我為什么沒(méi)有收到郵件,弄了好久朗和,發(fā)郵件發(fā)了5個(gè)來(lái)回错沽,今天終于收到郵件了,太開(kāi)心了眶拉!
終于收到郵件了!
那么下面就可以進(jìn)行正式的操作啦~
登陸進(jìn)去
自動(dòng)跳轉(zhuǎn)了提示你改密碼的界面
改密碼成功
然后就是Oncomine會(huì)給你發(fā)一個(gè)密碼修改成功的郵件憔儿,然后就可以正常使用了忆植,下次登陸的時(shí)候就可以用新修改的密碼登錄就好啦~??
確認(rèn)修改密碼的郵件
開(kāi)心~
已登錄
可以正常使用啦~
3.核心功能:基因表達(dá)差異分析
應(yīng)用1
檢索基因表達(dá)譜差異(乳腺癌為例)
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可以多勾選幾個(gè)研究結(jié)果進(jìn)行比較
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應(yīng)用2
可以直接點(diǎn)擊左邊的Breast Cancer
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2.核心功能:基因表達(dá)與臨床相關(guān)性
以CPSF7為例:
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在Excel中,表頭輸入:表達(dá)值 組織類型 樣本編號(hào) 生存狀態(tài)
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然后在表一 用VLOOKUP函數(shù)查找
有了基因表達(dá)谒臼,生存狀態(tài)以及隨訪時(shí)間朝刊,就可以進(jìn)行生存分析了,常用的生存分析有生存曲線和COX回歸蜈缤;還可以把年齡拾氓,復(fù)發(fā)狀態(tài),病理分期等數(shù)據(jù)摘錄下來(lái)底哥,做單因素和多因素的分析咙鞍。Oncomine也可以在線分析:
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還有很多功能可以在GROUP BY中選擇
4.基因共表達(dá)分析
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5.利用生存分析的數(shù)據(jù)繪制生存曲線
輸入數(shù)據(jù):
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