劉小澤寫于2020.9.2
現(xiàn)在conda的使用越來(lái)越方便坚俗，用的人也越來(lái)越多镜盯，就是因?yàn)閷W(xué)習(xí)成本簡(jiǎn)單，比較容易上手猖败，并且不需要root權(quán)限以及修改bashrc配置文件速缆。另外，它需要依賴Python和R恩闻，有時(shí)不知怎的就加載不出來(lái)依賴包艺糜，因此使用conda安裝對(duì)于新手是個(gè)不錯(cuò)的選擇
下載GATK
- 目前最新版是4.1.8.1 （2020.7.21）https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.8.1/gatk-4.1.8.1.zip
- 全部的版本鏈接在：https://github.com/broadinstitute/gatk/releases
下載后解壓
# 在該目錄下
conda env create -n gatk -f gatkcondaenv.yml -y
檢查是否成功
python -c "import vqsr_cnn"
# 出現(xiàn)：Using TensorFlow backend，則成功
# 出現(xiàn)：ImportError: No module named vqsr_cnn，則失敗
如果以后要更新gatk
需要先卸載掉原來(lái)的小環(huán)境破停，再重新安裝翅楼，否則會(huì)產(chǎn)生報(bào)錯(cuò)，比如：
CondaValueError: prefix already exists: /anaconda2/envs/gatk
安裝的正確方法：
source deactivate
conda env remove -n gatk
# 然后重新運(yùn)行上面的安裝代碼
另外gatk運(yùn)行還需要依賴Java
先進(jìn)入到gatk小環(huán)境真慢，再安裝openjdk即可
conda install -c conda-forge openjdk
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