摘要
單細(xì)胞Hi-C（scHi-C）技術(shù)可用于研究單個細(xì)胞中的三維（3D）基因組結(jié)構(gòu)况褪。然而，目前的scHi-C分析方法面臨著數(shù)據(jù)質(zhì)量和復(fù)雜的3D基因組模式等挑戰(zhàn)更耻。缺乏計算可擴(kuò)展性和可解釋性進(jìn)一步增加了大規(guī)模分析的困難测垛。在這篇論文中，一種名為Fast-Higashi的方法秧均，它基于張量分解和重新啟動的部分隨機(jī)游走赐纱，具有超快速和可解釋性的特點脊奋，可以從稀疏的scHi-C數(shù)據(jù)中聯(lián)合識別細(xì)胞身份和染色質(zhì)元相互作用。通過廣泛的評估疙描，F(xiàn)ast-Higashi相對于現(xiàn)有方法的優(yōu)勢，從而改善了對稀有細(xì)胞類型的描述和持續(xù)發(fā)育軌跡的理解讶隐。Fast-Higashi能夠直接識別定義不同細(xì)胞類型的3D基因組特征起胰，并有助于揭示基因組結(jié)構(gòu)和功能之間的細(xì)胞類型特異性聯(lián)系。此外巫延，F(xiàn)ast-Higashi還可以推廣并整合其他單細(xì)胞組學(xué)數(shù)據(jù)效五。總之炉峰，F(xiàn)ast-Higashi提供了一種高效且可解釋的scHi-C分析解決方案畏妖，適用于廣泛的生物環(huán)境。
Ultrafast and interpretable single-cell 3D genome analysis with Fast-Higashi: Cell Systems
image.png
