RepeatModeler已更新毡琉，擁有了一些新的功能，可以識(shí)別LTR的結(jié)構(gòu)
在基因組注釋中第一步就是重復(fù)序列的屏蔽舍杜，目前常用的從頭注釋pipeline就是RepeatModeler + RepeatMasker新娜。
RepeatModeler的依賴工具可以conda安裝或者手動(dòng)安裝，推薦conda
1既绩、RepeatMasker概龄、TRF、RMblast
在正式安裝RepeatModeler主程序之前饲握，需要提前配置好其依賴的工具私杜。
見前文(RepeatMasker的安裝與使用）(http://www.reibang.com/p/ffdbedae80fa)。
2互拾、RECON（從頭預(yù)測(cè)功能實(shí)現(xiàn)的核心組件）
conda install RECON #自動(dòng)配置在conda環(huán)境中
3、RepeatScout（從頭預(yù)測(cè)功能實(shí)現(xiàn)的核心組件）
conda install RepeatScout
4嚎幸、可選軟件颜矿，運(yùn)行LTR結(jié)構(gòu)搜索必須軟件，也可以不安裝
LtrHarvest（是GenomeTools套件的一部分嫉晶，安裝genometools即可骑疆。）
MAFFT
conda install genometools-genometools
conda install -c bioconda mafft
Ltr_retriever，解壓即可使用
https://github.com/oushujun/LTR_retriever/archive/master.zip
unzip LTR_retriever-master
CD-HIT和Ninja替废，解壓后編譯一下就好了
wget https://github.com/weizhongli/cdhit/archive/master.zip
unzip cdhit-master.zip && cd cdhit-master/
sudo make
wget https://github.com/TravisWheelerLab/NINJA/archive/master.zip
unzip master.zip && cd NINJA/
sudo make
5箍铭、RepeatModeler
前面的工具配置好后，源碼編譯RepeatModeler椎镣，和RepeatMasker安裝過程很像诈火，需要一步步指定所依賴的環(huán)境。
#RepeatModeler
wget http://www.repeatmasker.org/RepeatModeler/RepeatModeler-2.0.1.tar.gz
tar xzvf RepeatModeler-2.0.1.tar.gz
cd RepeatModeler-2.0.1.tar.gz
chmod -R 755 *
perl ./configure
“./configure”執(zhí)行后状答，根據(jù)提示信息一步步來冷守。
首先是perl環(huán)境，推薦使用/usr/bin環(huán)境下的perl惊科，即系統(tǒng)perl拍摇，使用conda中的perl后面總出問題」萁兀回車?yán)^續(xù)充活。
RepeatModeler安裝路徑蜂莉，默認(rèn)自動(dòng)指定安裝路徑，回車?yán)^續(xù)混卵。
指定RepeatMasker的安裝路徑映穗，回車?yán)^續(xù)。
指定RECON的安裝路徑淮菠，回車?yán)^續(xù)男公。
指定RepeatScout的安裝路徑，回車?yán)^續(xù)合陵。
指定NSEG的安裝路徑枢赔，回車?yán)^續(xù)。
指定TRF的安裝路徑（這個(gè)同時(shí)也是RepeatMasker安裝必需的）拥知，回車?yán)^續(xù)踏拜。
最后是序列搜索引擎（這個(gè)同時(shí)也是RepeatMasker安裝必需的），例如我們這里選擇2低剔，指定RMBlast主程序所在路徑速梗，回車返回主界面后，再選擇3襟齿，就完成了姻锁。
你也可以指定多種序列搜索引擎后，再選擇3猜欺，不過實(shí)際運(yùn)行時(shí)位隶，一次只能選擇一種序列比對(duì)方式。
這時(shí)會(huì)有提示：
這個(gè)版本的RepeatModeler可以檢測(cè)LTR的結(jié)構(gòu)开皿，是否配置涧黄，可以根據(jù)需要自行選擇。若需要就按y赋荆，然后根據(jù)提示選擇路徑完成配置笋妥。
這就完成RepeatModeler的安裝。
終于把一些列的環(huán)境添加完了窄潭，最后配置環(huán)境變量春宣。
#例如，我的RepeatModeler安裝路徑是在“/home/my/software/RepeatModeler-open-1.0.11”
export PATH=/home/my/software/RepeatModeler-2.0.1:$PATH
#這時(shí)候沒啥問題的話應(yīng)該可以看到幫助界面了
RepeatModeler -h
使用示例：
BuildDatabase -name human human_genomic.fa
RepeatModeler -pa 4 -database human -LTRStruct
RepeatMasker -e rmblast -lib human-families.fa -pa 4 human_genomic.fa
后續(xù)結(jié)果跟RepeatModeler1.0的結(jié)果差不多
祝大家科研順利＜的恪Ｐ湃稀！
