要點(diǎn)一：文件讀寫(xiě)
文件讀寫(xiě)主要使用open函數(shù)逻炊，如下圖使用方法分為三個(gè)部分：
文件讀入
1、文件句柄
- 可以理解呈擺渡船慢宗，讀取文件數(shù)據(jù)坪蚁，再轉(zhuǎn)移給腳本中的變量。
- 自己命名婆廊，一般大寫(xiě)字母迅细；如圖例中的
IN,OU - perl常用默認(rèn)文件句柄
STDIN,STDOUT,STDERR分別表示屏幕標(biāo)準(zhǔn)輸入、輸出淘邻、報(bào)錯(cuò)茵典。
ARGV表示命令行參數(shù)；比如ARGV[0]表示命令行第一個(gè)參數(shù)宾舅；ARGV[1]表示命令行第二個(gè)參數(shù).......
值得注意的是统阿，因?yàn)槭侵鹦?擺渡"的彩倚，所以
IN第幾次在腳本中出現(xiàn)就表示文件中的第幾行出現(xiàn)。如果不想使用第一行數(shù)據(jù)扶平，賦值給空變量即可帆离。見(jiàn)本文最后的例子。
2结澄、讀or寫(xiě)
類(lèi)比Linux重定向哥谷；
-
<表示讀入文件 -
>表示寫(xiě)入文件 -
>>表示追加寫(xiě)入文件 -
<>磚石操作符，一般為將句柄賦值給變量的標(biāo)準(zhǔn)格式
$first=<IN>;#如果磚石操作符為空麻献，就表示屏幕輸入中（鍵盤(pán)敲）讀取们妥，如下面這個(gè)加法計(jì)算小例子。
#!/usr/bin/perl -w
print "Please enter the first number\n";
chomp ($a=<>);
print "Please enter the second number\n";
chomp ($b=<>);
$c=$a+$b;
print "$a + $b =$c\n";
3勉吻、文件名
為待讀取的文件或者準(zhǔn)備寫(xiě)入的新文件名监婶，一般配合ARGV從參數(shù)中讀取。
常用的標(biāo)準(zhǔn)模式為
open IN,"<$ARGV[0]"; #第一個(gè)參數(shù)設(shè)置讀入的文件
open OU,">$ARGV[1]"; #第二個(gè)參數(shù)設(shè)置寫(xiě)入的文件
4齿桃、優(yōu)雅的補(bǔ)充 or die
考慮到有時(shí)文件無(wú)法打開(kāi)的現(xiàn)象惑惶，可以在結(jié)尾補(bǔ)充說(shuō)明性的報(bào)錯(cuò)信息
open IN,"<$ARGV[0]" or die "can not open the file\n$!"；
-
$!為特殊變量短纵，表示報(bào)錯(cuò)信息带污。
此外還有兩個(gè)特殊變量，這里一并介紹踩娘。一個(gè)是
$/表示分隔符刮刑，默認(rèn)分隔符為$/="\n"（換行符），可以根據(jù)情況作出修改养渴，比如$/=">"就將分隔符修改為大于號(hào)雷绢，在fasta序列處理中常用；一個(gè)是$_一般為未指明變量時(shí)的默認(rèn)變量理卑，例子見(jiàn)下例翘紊。
5、遍歷文件行
- 將結(jié)果輸出到屏幕
open IN,"<$ARGV[0]";
while (<IN>) { #while判斷依據(jù)：是否為空字符串
chomp; #去掉換行符藐唠；當(dāng)為默認(rèn)變量$_時(shí)可省略
print "$_/n"; #輸出結(jié)果到屏幕
}
close IN; #關(guān)閉句柄
- 將結(jié)果輸出到指定文件
open IN,"<$ARGV[0]";
open OU,">$ARGV[1]";
while (<IN>) {
chomp;
print OU "$_/n"; #輸出結(jié)果不會(huì)輸出到屏幕帆疟，而是指定輸出文件中
}
close IN; #關(guān)閉句柄
close OU;
要點(diǎn)二：實(shí)戰(zhàn)小例子 fastq→fasta
首先要理解兩種文件的區(qū)別---
（1）fastq有四行，第一行開(kāi)頭為@;
（2）fasta只有兩行宇立，第一行開(kāi)頭為>踪宠。
因此要將fastq的三四兩行刪去，同時(shí)將第一行的@更換為>妈嘹。
#!/usr/bin/perl -w
open IN,"<$ARGV[0]"; #為讀入的fastq文件
# open IN,"zcat $ARGV[0] |" #若為壓縮文件fq.gz的讀入方法
open OU,">$ARGV[1]"; #為寫(xiě)出的fasta文件
while ($id=<IN>) {
chomp ($id); #要加入括號(hào)柳琢，因?yàn)樽兞坎皇悄J(rèn)變量，不可省略
$id=~ tr /@/>/ ; #將@替換為>
chomp ($seq=<IN>);
<IN>; #第三行不管，賦值給空變量
<IN>; #第四行不管柬脸，賦值給空變量
print OU "$id\n";
print OU "$seq\n";
}
close IN; #關(guān)閉句柄
close OU;
head test.1.fq
test.1.fq
perl -c 1.pl
perl 1.pl test.1.fq my.fa
head my.fa
my.fa
