什么是16S rRNA刽漂？
16S rRNA是原核生物的核糖體中30S亞基的組成部分眨层，長度約為1542nt锁右，具有高度的保守性和特異性。16S rRNA基因是細(xì)菌上編碼rRNA相對應(yīng)的DNA序列很魂，存在于所有細(xì)菌的基因組中扎酷。16S rRNA基因包括保守區(qū)和可變區(qū)，保守區(qū)反映了物種間的親緣關(guān)系遏匆，而可變區(qū)則反映了物種間的差異霞玄。16S rRNA基因測序一般是利用MiSeq對16S rRNA基因的V3-V4可變區(qū)進(jìn)行測序，以此來研究微生物多樣性拉岁。
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Fadrosh等采用改善的雙端index方法對V3-V4進(jìn)行測序：
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16S rRNA基因測序一般包括基因組DNA提取，目的片段PCR擴(kuò)增及文庫構(gòu)建惰爬，測序喊暖，生物信息分析等步驟。常用的生物信息分析軟件主要是QIIME撕瞧，這是一款16S分析神器陵叽，包括OTU聚類及多樣性等多種分析，而且還有詳細(xì)的文檔說明丛版。
16S rRNA基因測序常見名詞解釋：
OTU：(operational taxonomic unit)巩掺，即操作分類單元，通過相似性對個體進(jìn)行分組页畦，根據(jù)序列彼此的相似性進(jìn)行聚類胖替，然后基于設(shè)置的相似性閾值（通常為97％相似性）來定義OTU，簡而言之豫缨，每個OTU代表一種16S rRNA独令，所以一個OTU對應(yīng)于一個物種。通過OTU分析就可以知道樣品中的微生物多樣性和豐度好芭。
Alpha多樣性：即一個樣品內(nèi)的微生物多樣性燃箭，常見的度量指標(biāo)有Chao1 richness estimator，Shannon diversity index和Simpson diversity index等舍败。
Beta多樣性：即不同樣品間的微生物多樣性招狸，衡量不同樣品之間的差別。
稀釋曲線：從樣品中抽取一定數(shù)量的reads邻薯，統(tǒng)計這些reads所代表的OTU裙戏。稀釋曲線可以用來衡量測序數(shù)據(jù)量是否合理，并間接反映樣品中物種的豐富程度弛说。
