最近重新深入生信分析的學(xué)習(xí)优炬，重新看一下轉(zhuǎn)錄組還有其他分析方法看新工具和新思路袍嬉。這篇日志記錄Trim Galore的Singularity鏡像用法（目前沒(méi)有singularity的用法）和鏡像構(gòu)建的思路（Dockerfile由官方提供）境蔼。
0. 準(zhǔn)備和預(yù)知信息
安裝好singularity
鏡像大小： 537 MB
鏡像中的預(yù)裝軟件
- Ubuntu 18.04
- Python 3.6.7
- Cutadapt 2.0
- fastqc 0.11.8
- trim Galore 0.6.0
- 鏡像下載
#下載trim-galore
singularity pull library://jiayiliujiayi/condas/trim-galore
1. 來(lái)源DEF解析- Singularity的"Dockerfile"解析
- 當(dāng)成一個(gè)小型的linux機(jī)子冬竟，在linux服務(wù)器上怎么軟件就在鏡像中怎么裝軟件
- 最少原則：只裝必要的軟件
Bootstrap: docker
From: alpine:3.8
#這里就是安裝
%post
apk update
apk upgrade
apk add git make
apk add bash curl fontconfig gcc bzip2-dev libc-dev ncurses-dev openjdk8-jre ttf-dejavu xz-dev zlib-dev
apk add perl python2 python2-dev py2-pip
pip install cutadapt
cd /usr/local/bin
curl -fsSL "https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip" -o fastqc_v0.11.8.zip
unzip fastqc_v0.11.8.zip
find /usr/local/bin/FastQC -name "fastqc" -maxdepth 1 -exec chmod +x {} \;
find /usr/local/bin/FastQC -name "fastqc" -maxdepth 1 -perm /u+x -exec ln -s {} /usr/local/bin \;
cd /usr/local/bin
#可以在里面下載欧穴，也可以在構(gòu)建鏡像的時(shí)候拷貝進(jìn)去
curl -fsSL "https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.5.0.tar.gz" | tar -xz
find /usr/local/bin/ -name "trim_galore" -exec ln -s {} /usr/local/bin \;
%labels
Maintainer m-bull
Version trim_galore-0.5.0
2. 使用方法-如何使用這個(gè)鏡像
- 注意點(diǎn)目錄掛載
$PWD:/in中的/in一定要打全，$PWD這個(gè)值可換成自己想要放數(shù)據(jù)的絕對(duì)路徑泵殴。
4. 用AI寫DEF
在此推薦一下我的星火小助手（笨蛋）: https://xinghuo.xfyun.cn/botweb/2035826
作用：根據(jù)用戶的需求和描述生成Singularity鏡像描述文件（deffile）涮帘、轉(zhuǎn)換Dockerfile到singularity的deffile、回答用戶對(duì)Singularity容器化技術(shù)的疑問(wèn)
參考
