折線圖添加誤差線是非常常用的一種可視化方法陶因，今天的推文介紹一下使用R語言的ggplot2作圖的代碼为迈。模仿的是論文 Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genetic history of apple domestication 中的Figure3中的d圖
image.png
第一步是準(zhǔn)備數(shù)據(jù)
image.png
數(shù)據(jù)保存為csv格式
df<-read.table("clipboard",header=T)
df
基本的折線圖
library(ggplot2)
head(df)
ggplot(df,aes(x=time_point,y=value))+
geom_line()+
geom_point()+
ylim(0,40)
image.png
添加誤差線
ggplot(df,aes(x=time_point,y=value))+
geom_line()+
geom_point()+
ylim(0,40)+
geom_errorbar(aes(ymin=value-sd,
ymax=value+sd),
width=0.2)
image.png
這樣基本就做好了槽片，接下來就是美化
- 去掉灰色背景
- 添加坐標(biāo)軸線
- 更改坐標(biāo)軸的刻度和標(biāo)簽
ggplot(df,aes(x=time_point,y=value))+
geom_line()+
geom_point()+
ylim(0,40)+
geom_errorbar(aes(ymin=value-sd,
ymax=value+sd),
width=0.2)+
theme(panel.background = element_blank(),
axis.line.x = element_line(),
axis.line.y = element_line())+
scale_x_continuous(breaks = 1:13,
labels = df$label)+
labs(x=NULL,y=NULL,title = "AAA")
image.png
接下來是拼圖
p1<-ggplot(df,aes(x=time_point,y=value))+
geom_line()+
geom_point()+
ylim(0,40)+
geom_errorbar(aes(ymin=value-sd,
ymax=value+sd),
width=0.2)+
theme(panel.background = element_blank(),
axis.line.x = element_line(),
axis.line.y = element_line())+
scale_x_continuous(breaks = 1:13,
labels = df$label)+
labs(x=NULL,y=NULL,title = "AAA")
library(cowplot)
plot_grid(p1,p1,p1,p1,p1,p1,ncol=2,nrow=3)
image.png
需要示例數(shù)據(jù)的可以直接留言
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小明的數(shù)據(jù)分析筆記本
