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課程簡介
本套課程專為進化樹的美化加工和各類數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)分析展示需求而設(shè)計抒蚜，深入探討和挖掘iTOL網(wǎng)站的強大功能。課程從進化樹的基本構(gòu)建方法、模型選擇共郭、結(jié)果解讀和拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的基本展示入手，層層遞進，涵蓋了添加和優(yōu)化各類注釋信息等復(fù)雜操作懂讯，支持多種風(fēng)格的進化樹美化展示坛悉，成圖結(jié)果伐厌，可直接用于專業(yè)級高水平科研雜志的文章發(fā)表，有助于大幅提升數(shù)據(jù)的視覺效果和解讀價值裸影。
課程內(nèi)容
進化樹理論知識：剖析進化樹的類型挣轨、生物學(xué)意義，掌握常見算法及其結(jié)果解讀轩猩。
iTOL基礎(chǔ)操作：學(xué)習(xí)數(shù)據(jù)上傳卷扮、基礎(chǔ)設(shè)置及結(jié)果導(dǎo)出的完整流程。
標(biāo)簽與樣式調(diào)整：掌握標(biāo)簽信息修改均践、樣式設(shè)定晤锹、分支樣式調(diào)整及clade分組的應(yīng)用。
特征信息可視化：深入了解如何通過條帶彤委、符號鞭铆、熱圖等形式展示樣本背景或基因組特征信息。
統(tǒng)計數(shù)據(jù)可視化：實操講解柱狀圖焦影、堆疊圖车遂、餅圖及關(guān)聯(lián)性圖表的應(yīng)用，提升統(tǒng)計數(shù)據(jù)的表現(xiàn)力斯辰。
課程包含
13個課時：課程從理論到實操舶担，層層遞進，學(xué)習(xí)更系統(tǒng)彬呻，全面覆蓋所有實操要點衣陶。
示例結(jié)果與文獻應(yīng)用：精選典型案例，結(jié)合實際案例闸氮，增強理論與實踐的結(jié)合祖搓。
實操材料：提供樹文件、各類型示例模板及數(shù)據(jù)結(jié)果湖苞，精心修改過的模板比原始模板更實用，替換為自己的數(shù)據(jù)就能迅速上手出圖详囤。
課程案例圖（doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.165203）
課程案例圖（doi: 10.3389/fmicb.2023.1221428）
課程案例圖（doi: 10.3389/fmicb.2021.748471）
課程案例圖（doi: 10.3390/ ijms242116017）
課程案例圖（doi: 10.3201/eid2910.230509）
課程案例圖（doi: 10.1038/s41467-022-31908-x）
課程案例圖（doi: 10.1073/pnas.2008731118）
課程案例圖（doi: 10.1016/s2666- 5247(22)00338-x）
課程目錄大綱詳情
課時1：微生物進化樹結(jié)構(gòu)必學(xué)要點
（1）常見進化樹類型有哪些财骨？
（2）進化樹的類型和展示方式代表著什么生物學(xué)意義？
（3）常見進化樹軟件的算法該如何選擇藏姐？
（4）進化樹結(jié)果解讀隆箩；
（5）經(jīng)驗分享和建議。
課時2：快速入門：iTOL軟件中的常用設(shè)置
（1）iTOL軟件介紹及數(shù)據(jù)上傳步驟
（2）進化樹的三種樹型展示方式和選擇建議
（3）iTOL軟件中樣本定位羔杨、錯誤分支去除及重設(shè)根方法
（4）iTOL軟件的控制面板介紹和設(shè)置
（5）iTOL軟件結(jié)果圖像導(dǎo)出方式和建議
課時3：在iTOL軟件中如何修改進化支樣式
（1）分支樣式修改結(jié)果展示
（2）如何在iTOL中直接修改分支樣式
（3）如何使用iTOL模板修改分支樣式
課時4：如何修改標(biāo)簽樣式及標(biāo)簽信息
（1）標(biāo)簽樣式修改結(jié)果展示
（2）如何在iTOL中直接修改標(biāo)簽樣式和信息
（3）如何使用iTOL模板修改標(biāo)簽樣式
（4）如何使用iTOL模板替換標(biāo)簽信息
（5）如何為標(biāo)簽的各部分單獨設(shè)置樣式
（6）標(biāo)簽的其它修改方式
課時5：基于clade的進化支分組方法
（1）clade分組結(jié)果典型案例展示與剖析
（2）如何在iTOL中直接添加Clade分組
（3）clade分組高級設(shè)置實操與建議
課時6：如何添加樣本背景或基因組特征信息：條帶注釋法
（1）條帶注釋結(jié)果典型案例展示與剖析
（2）如何在Dataset中創(chuàng)建條帶注釋
（3）如何使用iTOL模板添加條帶注釋
（4）如何在iTOL中調(diào)整條帶注釋的顯示效果
課時7：如何添加樣本背景或基因組特征信息：符號注釋法
（1）符號注釋結(jié)果展示
（2）如何在Dataset中創(chuàng)建外周符號注釋
（3）如何使用iTOL模板在外周添加符號注釋
（4）如何在iTOL中調(diào)整外周符號注釋
（5）如何在Dataset中創(chuàng)建分支符號注釋
（6）如何使用iTOL模板在分支添加符號注釋
課時8：如何添加樣本背景或基因組特征信息：熱圖注釋法
（1）熱圖注釋結(jié)果典型案例展示與剖析
（2）如何在Dataset中創(chuàng)建熱圖注釋
（3）如何使用iTOL模板添加熱圖注釋
（4）如何在iTOL軟件中調(diào)整熱圖結(jié)果
課時9：如何添加樣本背景或基因組特征信息：字符注釋法
（1）字符注釋結(jié)果典型案例展示與剖析
（2）如何在Dataset中創(chuàng)建字符注釋
（3）如何使用iTOL模板添加字符注釋
（4）如何在iTOL中調(diào)整字符注釋的顯示結(jié)果
課時10：如何可視化樣本統(tǒng)計數(shù)據(jù)：柱狀圖注釋法
（1）柱狀圖注釋結(jié)果典型案例展示與剖析
（2）如何在Dataset中創(chuàng)建柱狀圖注釋
（3）如何使用iTOL模板添加柱狀圖
（4）如何在iTOL中調(diào)整柱狀圖注釋的顯示結(jié)果
課時11：如何可視化樣本統(tǒng)計數(shù)據(jù)：堆疊圖注釋法
（1）堆疊圖注釋結(jié)果典型案例展示與剖析
（2）如何在Dataset中創(chuàng)建堆疊圖注釋
（3）如何使用iTOL模板添加堆疊圖
（4）如何在iTOL中調(diào)整堆疊圖注釋的顯示結(jié)果
課時12：如何可視化樣本統(tǒng)計數(shù)據(jù)：餅圖注釋法
（1）餅圖注釋結(jié)果典型案例展示與剖析
（2）如何在Dataset中創(chuàng)建餅圖注釋
（3）如何使用iTOL模板添加餅圖
（4）如何在iTOL中調(diào)整餅圖注釋的顯示結(jié)果
課時13：如何可視化展示樣本之間的關(guān)聯(lián)性
（1）關(guān)聯(lián)注釋結(jié)果典型案例展示與剖析
（2）如何使用iTOL模板添加連線
（3）如何在iTOL中調(diào)整關(guān)聯(lián)分析的顯示結(jié)果
