cell_3.jpg

跟著 Cell 學(xué)作圖 | 3.箱線圖+散點+差異顯著性檢驗

“實踐是檢驗真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)咏删。”

“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語言的最好辦法≈郏”

2021.4.12_1

DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.032

這篇2020年發(fā)表在cell上關(guān)于新冠的組學(xué)文章里面有大量的生信內(nèi)容。今天帶大家復(fù)現(xiàn)其中的一個Supplemental Figure：帶散點的箱線圖钧萍。

本文代碼及示例數(shù)據(jù)領(lǐng)群植：后臺回復(fù)“20210416”

2021.4.16_1

比較常用的展示差異的可視化方法。

數(shù)據(jù)格式

2021.4.16_2

注：以上數(shù)據(jù)純屬虛構(gòu)风瘦，無實際意義队魏！

思路

• 箱線圖+顯著性檢驗+散點

均值比較的常見方法：

繪制

#------
title: "boxplot"
author: "MZBJ"
date: "2020/4/16"
#-----
 # 導(dǎo)入所需的包
library(ggplot2)
library(ggsignif)
library(ggpubr)
library(RColorBrewer)
setwd("F:/HJH/mzbj/cell")
# 導(dǎo)入數(shù)據(jù)
plot_data <- read.csv(file = "ABCD.csv")
#-----------------------
p<- ggplot(data=plot_data)+ 
  geom_boxplot(mapping=aes(x=group,y=Retive_Abundance,colour = group ), #箱線圖
               alpha = 0.5,
               size=1.5,
               width = 0.6)+ 
  geom_jitter(mapping=aes(x=group,y=Retive_Abundance,colour = group), #散點
              alpha = 0.3,size=3)+
  scale_color_manual(limits=c("A","B","C","D"), 
                     values=c("#85B22E","#5F80B4","#E29827","#922927"))+ #顏色
  geom_signif(mapping=aes(x=group,y=Retive_Abundance), # 不同組別的顯著性
              comparisons = list(c("A", "B"), # 哪些組進行比較
                                 c("A", "C"),
                                 c("A", "D"),
                                 c("B", "C"),
                                 c("B", "D"),
                                 c("C", "D")),
              map_signif_level=T, # T顯示顯著性，F(xiàn)顯示p value
              tip_length=c(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0), # 修改顯著性線兩端的長短
              y_position = c(40,41,42,39,38,40), # 設(shè)置顯著性線的位置高度
              size=1, # 修改線的粗細(xì)
              textsize = 4, # 修改顯著性標(biāo)記的大小
              test = "t.test")+ # 檢驗的類型
  theme_classic(  # 主題設(shè)置万搔，這個是無線條主題
    base_line_size = 1 # 坐標(biāo)軸的粗細(xì)
  )+
  labs(title="White blood cell(WBC)",x="",y="Retive_Abundance")+ # 添加標(biāo)題胡桨，x軸，y軸內(nèi)容
  theme(plot.title = element_text(size = 15,
                                  colour = "black",
                                  hjust = 0.5),
        axis.title.y = element_text(size = 15, 
                                    # family = "myFont", 
                                    color = "black",
                                    face = "bold", 
                                    vjust = 1.9, 
                                    hjust = 0.5, 
                                    angle = 90),
        legend.title = element_text(color="black", # 修改圖例的標(biāo)題
                                    size=15, 
                                    face="bold"),
        legend.text = element_text(color="black", # 設(shè)置圖例標(biāo)簽文字
                                   size = 10, 
                                   face = "bold"),
        axis.text.x = element_text(size = 13,  # 修改X軸上字體大小瞬雹，
                                   color = "black", # 顏色
                                   face = "bold", #  face取值：plain普通昧谊，bold加粗，italic斜體酗捌，bold.italic斜體加粗
                                   vjust = 0.5, # 位置
                                   hjust = 0.5, 
                                   angle = 0), #角度
        axis.text.y = element_text(size = 13,  
                                   color = "black",
                                   face = "bold", 
                                   vjust = 0.5, 
                                   hjust = 0.5, 
                                   angle = 0) 
  )
p

2021.4.16_3.png

大功告成呢诬！

備注：有個瑕疵就是y軸過長。但是我設(shè)定y軸范圍后胖缤，差異標(biāo)記也被截掉了尚镰。目前能想到的解決辦法就是AI簡單向下拉一下Y軸。

往期內(nèi)容：

跟著CELL學(xué)作圖|1.火山圖

跟著Cell學(xué)作圖 | 2.柱狀圖+誤差棒+散點+差異顯著性檢驗