理解下列語句
mkdir -p RNA-Seq/aligned
for i in `seq 57 62`
do
hisat2 -t -x reference/index/hg19/genome -1 RNA-Seq/SRR35899${i}_1.fastq.gz -2 SRR35899${i}_2.fastq.gz -S RNA-Seq/aligned/SRR35899${i}.sam &
done
| 代碼 | 意義 |
|---|---|
mkdir -p **/** |
--parents 需要時創(chuàng)建上層目錄皮服，如目錄早已存在則不當作錯誤 |
for i in '***' do...${i} done |
for循環(huán)良蛮，本例內(nèi)i 分別引用字符seq；57屠阻；62。 |
& |
多任務并行，hisat2-align一個任務大概4G上下內(nèi)存侦副，根據(jù)資源設置最大并行數(shù) |
hisat2 -x aaaa/genome -1 BBB/bbb.fastq.gz -2 CCC/ccc.fastq.gz -S DDD/ddd.sam |
hisat2基礎句式污它，aaa為index文件夾剖踊，此處為hg19，bbb和ccc為雙端fastq文件衫贬，ddd為目的sam文件,AAA,BBB,CCC為對應文件所在目錄德澈。 |
-t -x -1 -2 -S |
-x參考基因組-1第一個-2第二個-S為SAM。-t 記錄運行時間固惯。另外-U為單端梆造；--summary-file為輸出比對信息為file；-p **為線程數(shù)葬毫。 |
2>siSUZ12_2.log |
輸出記錄 |
活學活用
for i in `0 2 4`
do
hisat2 -t -x ../hg19/genome -1 ../../${i}h/${i}h_combined_R1.fastq.gz -2 ../../${i}h/R19000257LR01-${i}h_combined_R2.fastq.gz -S ../../aligned/${i}h.sam 2>../../aligned/${i}h.log
done
關于for語句的一點小問題
加上想要循環(huán)計算某一串數(shù)字+2
for i in 2 4 6; do ADD=$((2+$i)); echo $ADD; done
如果加上引號镇辉，就是字符類型而不是numeric了
for i in '2 4 6'; do ADD=$((2+$i)); echo $ADD; done
另外如果使用{}引用也行，記得加逗號分開...
用
seq 2 6(注意是倒單引號`不是單引號)則指的是2.3.4.5.6
參考文獻
轉(zhuǎn)錄組入門（5）： 序列比對http://www.reibang.com/p/681e02e7f9af
mkdir命令 https://blog.csdn.net/gao199108/article/details/77340753
避免使用裸的 mkdir -phttps://blog.csdn.net/colin5300/article/details/78067153
在Linux終端中進行算術運算的5種方法https://www.linuxidc.com/Linux/2019-01/156304.htm
linux命令 For循環(huán)https://blog.csdn.net/theomarker/article/details/81191738
利用簡單的語句實現(xiàn)for循環(huán)并行處理命令(https://www.cnblogs.com/muuyouzhi/p/8898567.html)
shell腳本中使用for循環(huán)開啟并行方法https://blog.csdn.net/zcb_data/article/details/80533808
Hisat官方手冊https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml
linux 中特殊符號用法詳解
Bash腳本實現(xiàn)批量作業(yè)并行化https://www.linuxidc.com/Linux/2015-01/112363.htm可控
-m, --mode=MODE set file mode (as in chmod), not a=rwx - umask
-p, --parents no error if existing, make parent directories as needed
-v, --verbose print a message for each created directory
-Z set SELinux security context of each created directory
to the default type
--context[=CTX] like -Z, or if CTX is specified then set the SELinux
or SMACK security context to CTX
--help display this help and exit
--version output version information and exit
