轉(zhuǎn)錄組代表存在于細(xì)胞中RNA的全部類型野瘦，包括mRNA师坎、rRNA涩惑、tRNA以及其它各種非編碼RNA等射窒。轉(zhuǎn)錄組是了解細(xì)胞過程的主要手段，微陣列（Microarray）和RNA-seq（RNA sequencing）是轉(zhuǎn)錄組分析中的兩種主要技術(shù)芽丹。它們的主要區(qū)別在于北启，微陣列基于預(yù)先設(shè)計(jì)的標(biāo)記探針與目標(biāo)cDNA序列的雜交，而RNA-seq通過測序技術(shù)對cDNA鏈進(jìn)行直接測序拔第。
微陣列
微陣列取決于雜交探針咕村，根據(jù)雜交信號強(qiáng)度定量基因相對表達(dá)水平。
首先從樣品中提取總RNA蚊俺，然后構(gòu)建cDNA文庫懈涛。將cDNA與預(yù)先設(shè)計(jì)的帶熒光標(biāo)記的DNA探針在固體表面（spot matrix）混合，互補(bǔ)序列將與微陣列中的標(biāo)記探針雜交泳猬。通過檢測微陣列的探針熒光強(qiáng)度批钠，這些探針代表了不同的基因，可獲得各基因的相對表達(dá)譜得封。
一般而言埋心，微陣列探針的熒光強(qiáng)度應(yīng)與樣品中互補(bǔ)cDNA（代表轉(zhuǎn)錄物）的豐度成正比。但是該技術(shù)的準(zhǔn)確性取決于所設(shè)計(jì)的探針呛每，已知序列的堿基組成以及探針雜交的親和力，因此具有局限性坡氯。微陣列技術(shù)不能用低豐度的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行晨横，且不能區(qū)分同工型以及鑒定遺傳變異。此外箫柳，探針也常伴隨交叉雜交手形，非特異性雜交等問題。
RNA-seq
RNA-seq是一種快速且高通量的方法悯恍，不依賴于預(yù)先設(shè)計(jì)的探針或已知的序列堿基特征库糠，因此具有較高的靈敏度和檢測新基因以及遺傳變異的能力。
首先提取總RNA并在純化后片段化處理，然后構(gòu)建cDNA文庫瞬欧，使用高通量測序的方法對cDNA進(jìn)行測序贷屎。獲得測序序列后比對到參考基因組上（或者從頭組裝轉(zhuǎn)錄本后再比對），根據(jù)測序序列的覆蓋情況定量基因表達(dá)艘虎。
理論上唉侄，如果測序深度足夠深，則可以覆蓋到所有基因野建，包括尚未發(fā)現(xiàn)的新基因属划，并能實(shí)現(xiàn)全長基因水平的定量。并且RNA-seq本身是一種測序技術(shù)候生，能獲得基因的堿基組成信息同眯，因此除了用于定量基因表達(dá)外，還可用于基因組結(jié)構(gòu)研究唯鸭，這是微陣列芯片無法比擬的须蜗。但是高通量的方法存在一定的假陽性問題是不可忽視的，并且二代測序在建庫時(shí)也存在非特異性擴(kuò)增的偏移肿孵，三代測序定量相對準(zhǔn)確但價(jià)格昂貴唠粥。
微陣列和RNA-seq的比較
就目前來說，小編比較推薦使用RNA-seq進(jìn)行轉(zhuǎn)錄譜研究停做。一是數(shù)據(jù)量大晤愧，覆蓋基因組范圍更廣；二是不受物種基因組是否已知所限制蛉腌；三是RNA-seq數(shù)據(jù)的靈活度高官份，并能用于基因組結(jié)構(gòu)分析。
參考鏈接
https://www.differencebetween.com/difference-between-microarray-and-vs-rna-sequencing/
