寫在前面
前述介紹了如何在「Windows」下安裝 WSL2+Docker。類似的操作症汹，可以更為簡單的在 MacOS 或者 Linux 下實現(xiàn)饱普。一切目的，我們要的就是「使用 Docker 進行便捷的生物信息學數(shù)據(jù)分析」旗们。
本文將會介紹幾個docker常用命令。
鏡像搜索
當我們知道自己需要什么軟件构灸，如 emboss 套裝上渴，或者是 Blast+ 套裝，那么無論在什么操作系統(tǒng)下冻押，只需要運行
docker search emboss
更全面可靠的方式是直接到網(wǎng)頁搜索
https://hub.docker.com/search?type=image
搜索 emboss 相關鏡像
點擊 TAG驰贷，查看有哪些可用版本
鏡像下載
確定好要下載的鏡像，我們就可以直接下載鏡像
docker pull biocontainers/emboss:v6.6.0dfsg-7b1-deb_cv1
注意到洛巢，下述類似的常用pull命令可能失效，因為有一些鏡像次兆，并無默認的 latest 標簽
docker pull biocontainers/emboss
回車后開始安裝
安裝完成如下
查看目前已有鏡像
docker image list
使用鏡像
docker run biocontainers/emboss:v6.6.0dfsg-7b1-deb_cv1 needle -h
注意到稿茉，其中needle -h，即我們要使用鏡像中實際程序的命令芥炭。
準備輸入數(shù)據(jù)
注意到漓库，這些文件放置在
C:\Users\CJ\Desktop\園藝植物生物信息學實踐\課件\第二周
請按自己的需要調(diào)整路徑
直接執(zhí)行模式
對于絕大多數(shù)程序，可以直接執(zhí)行后退出园蝠，故可用
docker run -v C:\Users\CJ\Desktop\園藝植物生物信息學實踐\課件\第二周:/scauclass -w /scauclass biocontainers/emboss:v6.6.0dfsg-7b1-deb_cv1 needle -asequence AtARF5.fa -bsequence AtARF19.fa -outfile abc.txt -gapopen 10 -gapextend 0.5
注意到渺蒿，其中-v參數(shù)用于映射路徑，理解為將當前操作系統(tǒng)的目錄C:\Users\CJ\Desktop\園藝植物生物信息學實踐\課件\第二周映射到 docker 鏡像中的目錄/scauclass彪薛。而-w目錄即docker鏡像中調(diào)用程序的工作目錄茂装，本例中在/scauclass中執(zhí)行。
交互執(zhí)行模式
對于一些工作需求善延，或者一些程序要求少态，只能在交互模式下使用，那么注意添加-it參數(shù)易遣。
docker run -v C:\Users\CJ\Desktop\園藝植物生物信息學實踐\課件\第二周:/scauclass -w /scauclass -it biocontainers/emboss:v6.6.0dfsg-7b1-deb_cv1 needle -asequence AtARF5.fa -bsequence AtARF19.fa
無論是使用哪種模式彼妻，都可以得到結果文件。
寫在最后
Emmm，比較簡單侨歉。docker 本身是打包各類屋摇。感興趣的朋友建議做相關鏈接。當然也可以自行構建鏡像幽邓。事實上炮温，我主要是做網(wǎng)站搭建時使用docker。不過現(xiàn)在docker能做的事情太多了颊艳。
此外茅特，對于一些計算集群，可能要使用 singularity 容器棋枕。邏輯上白修，所有 docker 鏡像，都可以轉(zhuǎn)換成 singularity 鏡像重斑，從而直接在集群上使用兵睛。簡單來說... 只要掌握 docker 使用，就可以直接應用到其他任何平臺窥浪，windows祖很、Linux、Mac漾脂。
