使用fastqc對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估
# 激活conda環(huán)境
conda activate trans
對(duì)合并后的文件進(jìn)行批量治療
# 使用FastQC軟件對(duì)單個(gè)fastq文件進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估冻辩，結(jié)果輸出到qc/文件夾下
cd /media/zk/crlm/qc
qcdir=/media/zk/crlm/qc
fqdir=/media/zk/crlm/CRLM_RNAseq/Result-P101SC18100875-01-J014-B14-21/cleanall
fastqc -t 16 -o $qcdir $fqdir/31-AC-WBC_FRAS202378781-1r_1.clean.fq.gz
# 多個(gè)數(shù)據(jù)質(zhì)控
fastqc -t 16 -o $qcdir $fqdir/*.clean.fq.gz
# 使用MultiQc整合FastQC結(jié)果
multiqc *.zip
