生信linux20題測試

來源:生信人的linux考試 http://www.bio-info-trainee.com/2900.html

一针炉、在任意文件夾下面創(chuàng)建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夾系列。

vip21 08:29:21 ~/linux20
$ mkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9
vip21 08:33:46 ~/linux20
$ ls
1
vip21 08:34:05 ~/linux20
$ tree
.
└── 1
    └── 2
        └── 3
            └── 4
                └── 5
                    └── 6
                        └── 7
                            └── 8
                                └── 9

9 directories, 0 files

二、在創(chuàng)建好的文件夾下面屹电,比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 腔寡,里面創(chuàng)建文本文件 me.txt

三乐横、在文本文件 me.txt 里面輸入內(nèi)容:

Go to: http://www.biotrainee.com/
I love bioinfomatics.
And you ?

vip21 08:52:53 ~/linux20/1/2/3/4/5/6/7/8/9
$ cat > me.txt 
Go to: http://www.biotrainee.com/
I love bioinfomatics.
And you ?
^C
vip21 08:53:51 ~/linux20/1/2/3/4/5/6/7/8/9
$ ls
me.txt
vip21 08:53:58 ~/linux20/1/2/3/4/5/6/7/8/9
$ cat me.txt 
Go to: http://www.biotrainee.com/
I love bioinfomatics.
And you ?

四厦章、、刪除上面創(chuàng)建的文件夾 1/2/3/4/5/6/7/8/9 及文本文件 me.txt

vip21 08:54:37 ~/linux20/1/2/3/4/5/6/7/8/9
$ cd ~/linux20/
vip21 08:57:18 ~/linux20
$ rm -rf 1
vip21 08:57:41 ~/linux20
$ tree
.

0 directories, 0 files

五钮莲、在任意文件夾下面創(chuàng)建 folder1~5這5個文件夾免钻,然后每個文件夾下面繼續(xù)創(chuàng)建 folder1~5這5個文件夾

vip21 08:58:23 ~/linux20
$ mkdir -p folder{1..5}/folder{1..5}
vip21 08:59:36 ~/linux20
$ tree
.
├── folder1
│   ├── folder1
│   ├── folder2
│   ├── folder3
│   ├── folder4
│   └── folder5
├── folder2
│   ├── folder1
│   ├── folder2
│   ├── folder3
│   ├── folder4
│   └── folder5
├── folder3
│   ├── folder1
│   ├── folder2
│   ├── folder3
│   ├── folder4
│   └── folder5
├── folder4
│   ├── folder1
│   ├── folder2
│   ├── folder3
│   ├── folder4
│   └── folder5
└── folder5
    ├── folder1
    ├── folder2
    ├── folder3
    ├── folder4
    └── folder5

六、在第五題創(chuàng)建的每一個文件夾下面都 創(chuàng)建第二題文本文件 me.txt 臂痕,內(nèi)容也要一樣

vip21 09:02:30 ~/linux20
$ ls
folder1  folder2  folder3  folder4  folder5  me.txt
vip21 09:02:38 ~/linux20
$ echo folder{1..5}/folder{1..5}|xargs -n 1 cp me.txt
vip21 09:05:34 ~/linux20
$ tree
.
├── folder1
│   ├── folder1
│   │   └── me.txt
│   ├── folder2
│   │   └── me.txt
│   ├── folder3
│   │   └── me.txt
│   ├── folder4
│   │   └── me.txt
│   └── folder5
│       └── me.txt
├── folder2
│   ├── folder1
│   │   └── me.txt
│   ├── folder2
│   │   └── me.txt
│   ├── folder3
│   │   └── me.txt
│   ├── folder4
│   │   └── me.txt
│   └── folder5
│       └── me.txt
├── folder3
│   ├── folder1
│   │   └── me.txt
│   ├── folder2
│   │   └── me.txt
│   ├── folder3
│   │   └── me.txt
│   ├── folder4
│   │   └── me.txt
│   └── folder5
│       └── me.txt
├── folder4
│   ├── folder1
│   │   └── me.txt
│   ├── folder2
│   │   └── me.txt
│   ├── folder3
│   │   └── me.txt
│   ├── folder4
│   │   └── me.txt
│   └── folder5
│       └── me.txt
├── folder5
│   ├── folder1
│   │   └── me.txt
│   ├── folder2
│   │   └── me.txt
│   ├── folder3
│   │   └── me.txt
│   ├── folder4
│   │   └── me.txt
│   └── folder5
│       └── me.txt
└── me.txt
#另外一種解決方法(from 孫小潔老師)
for dirs in folder{1..5}/folder{1..5}; do cp me.txt $dirs; done 

七伯襟,再次刪除掉前面幾個步驟建立的文件夾及文件

vip21 09:09:19 ~/linux20
$ ls
folder1  folder2  folder3  folder4  folder5  me.txt
vip21 09:09:20 ~/linux20
$ rm -rf folder*
vip21 09:10:28 ~/linux20
$ ls
me.txt

八、下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed 文件握童,后在里面選擇含有 H3K4me3 的那一行是第幾行姆怪,該文件總共有幾行。

wget -c http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed
ls
cat test.bed | grep -n H3K4me3
cat test.bed | wc -l

九、下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip 文件稽揭,并且解壓俺附,查看里面的文件夾結(jié)構(gòu)

wget -c http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip
ls
unzip rmDuplicate.zip
tree rmDuplicate

十、打開第九題解壓的文件溪掀,進(jìn)入 rmDuplicate/samtools/single 文件夾里面事镣,查看后綴為 .sam 的文件,搞清楚 生物信息學(xué)里面的SAM/BAM 定義是什么揪胃。

vip21 09:46:25 ~/linux20
$ cd ~/linux20/rmDuplicate/samtools/single/
vip21 09:47:56 ~/linux20/rmDuplicate/samtools/single
$ ls
readme.txt  tmp.rmdup.bam     tmp.sam         tmp.sorted.vcf.gz
tmp.header  tmp.rmdup.vcf.gz  tmp.sorted.bam 
vip21 09:48:04 ~/linux20/rmDuplicate/samtools/single
$ head tmp.sam

十一璃哟、安裝 samtools 軟件
conda軟件直接搜索,安裝即可喊递。

十二随闪、打開 后綴為BAM 的文件,找到產(chǎn)生該文件的命令骚勘。 提示一下命令是:

#查看BAM` 的文件
samtools  view -h  SRR1039508.hisat.bam
#查看命令
which samtools

十三題铐伴、根據(jù)上面的命令,找到我使用的參考基因組 /home/jianmingzeng/reference/index/bowtie/hg38 具體有多少條染色體俏讹。

less -S hg38.fa |grep '^>' |sort |uniq -c |wc -l

十四題当宴、上面的后綴為BAM 的文件的第二列,只有 0 和 16 兩個數(shù)字泽疆,用 cut/sort/uniq等命令統(tǒng)計(jì)它們的個數(shù)户矢。

samtools  view -h  SRR1039508.hisat.bam | cut -f2 | sort | uniq -c

十五題、重新打開 rmDuplicate/samtools/paired 文件夾下面的后綴為BAM 的文件于微,再次查看第二列逗嫡,并且統(tǒng)計(jì)

samtools view tmp.sorted.bam | cut -f2|sort -n |uniq -c

十六題、下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/sickle/sickle-results.zip 文件株依,并且解壓,查看里面的文件夾結(jié)構(gòu)延窜, 這個文件有2.3M恋腕,注意留心下載時間及下載速度。

wget -c http://www.biotrainee.com/jmzeng/sickle/sickle-results.zip
unzip sickle-results.zip
tree sickle-results

十七題逆瑞、解壓 sickle-results/single_tmp_fastqc.zip 文件荠藤,并且進(jìn)入解壓后的文件夾,找到 fastqc_data.txt 文件获高,并且搜索該文本文件以 >>開頭的有多少行哈肖?

unzip single_tmp_fastqc.zip
cd single_tmp_fastqc/
cat fastqc_data.txt | grep -n '^>>' | wc -l

十八題、下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/tmp/hg38.tss 文件念秧,去NCBI找到TP53/BRCA1等自己感興趣的基因?qū)?yīng)的 refseq數(shù)據(jù)庫 ID淤井,然后找到它們的hg38.tss 文件的哪一行。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7157

wget -c http://www.biotrainee.com/jmzeng/tmp/hg38.tss
cat hg38.tss | grep -n 'NM_007294'

十九題、解析hg38.tss 文件币狠,統(tǒng)計(jì)每條染色體的基因個數(shù)游两。

cat hg38.tss | awk '{print$2}' | cut -c 1-5 | sort |uniq -c
cat hg38.tss |cut -f2|sort|uniq -c|grep -v '_'

二十題、解析hg38.tss 文件漩绵,統(tǒng)計(jì)NMNR開頭的熟練贱案,了解NMNR開頭的含義。

cat hg38.tss | grep '^NM' | sort |wc -l
cat hg38.tss | grep '^NR' | sort |wc -l
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
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