TBtools的開發(fā)只是為了趕課題(一)

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寫在前面

今天,課題組的第一篇綜述見刊了奕筐。需要重點感謝

國家“青年千人”啟動基金的支持和廣東省教育廳的創(chuàng)新團隊項目的支持脑沿,課題組成員,HR編輯以及匿名審稿人在文章整理過程中提出的寶貴建議

高大上又接地氣的 Horticultue Research微信公眾號臭胜,已經(jīng)推了一文,即《華南農(nóng)大青年千人夏瑞課題組 概述了園藝作物小分子RNA研究現(xiàn)狀》癞尚。該微信推文中耸三,已經(jīng)列出了文章中大家都比較滿意的圖片。這里就不加以贅述浇揩。感興趣的朋友仪壮,可關(guān)注《園藝研究》微信公眾號,或者直接跳轉(zhuǎn)查看對應(yīng)推文

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MTQ0MDg4Nw==&mid=2650191243&idx=1&sn=a3716bf2e0981bc15547a29350538018&chksm=872f9513b0581c053c0bf32eccfe1b67bd6c6d5debaffdd9b08e3969acbf360695acfed2b92b&mpshare=1&scene=23&srcid=09175y17RJZxOEL4uoAaGHeu#rd

當然胳徽,也可以查看文章全文

https://rdcu.be/6SsD

寫這個推文积锅,一方面,是這篇綜述上养盗,課題組和HR編輯以及審稿人都投入了時間和經(jīng)歷缚陷,那么應(yīng)該增加一點曝光度;另一方面往核,是文稿中箫爷,有一張圖,其實也是TBtools輸出的圖片聂儒,再進行細調(diào)虎锚。即,以下

image.png

這個圖片應(yīng)該是TBtools相對早期版本輸出的結(jié)構(gòu)域信息圖片了衩婚,目前看來不是太滿意窜护。不過這個圖片的存在,說明了一個問題非春,即TBtools里面的每一個工具柄慰,可能都是課題組的一個課題需要鳍悠。

進入主題

上圖如何繪制,可以直接參考《歷史消息》坐搔。此處簡單說明如下:

  1. 下載已報到的番茄ARF基因家族成員蛋白序列
  2. 將序列提交到NCBI的Batch CDD Search藏研,并得到相應(yīng)圖片
  3. ARF上存在的小RNA靶位點(包括miRNA和phasiRNA[tasiRNA]的靶位點)
  4. 進行坐標轉(zhuǎn)換(因為domain是蛋白坐標,target site是mRNA坐標)
  5. 將以上數(shù)據(jù)輸入TBtools概行,即可得到圖片(包括target site)
  6. 打開AI或者CDR蠢挡,使用剪刀形狀替換domain site(類似的形狀修改功能,之前已經(jīng)更新凳忙,接下來我們組的某個工作中业踏,大家應(yīng)該會看到

基于以上操作,就可以得到封面圖片涧卵。這個圖片的具體含義勤家,感興趣的,還是看《園藝研究》公眾號的推文柳恐,或是文章正文伐脖。

一直在開發(fā),也一直有朋友可能對我在做的事情有誤解乐设。這里誤解的出發(fā)點讼庇,其實是關(guān)心,或者擔心近尚。因為提醒我的朋友里面蠕啄,基本都是相對親近的人,畢竟不親近的人并不Care戈锻。他們擔心的是歼跟,我總是將精力投入到TBtools或者代碼里面,或者是不務(wù)正業(yè)格遭,或者是對以后發(fā)展沒有太大幫助嘹承。
其實兩者都有一點,尤其后者如庭。但其實,也都不全是撼港。因為坪它,確實我在工具開發(fā)上投入的時間比例不會太小。但是帝牡,幾乎每一個工具的出現(xiàn)往毡,都是對應(yīng)了一個課題組課題的需求。

當然靶溜,一個人最可悲的是开瞭,所有人都說你做得好懒震,做得優(yōu)秀,而沒有人告訴你嗤详,你哪里錯了个扰,哪里做得不好。所以葱色,每當有人提醒我的時候递宅,我會有一瞬間的不樂意,但更多的是感激苍狰。

寫在最后

寫到此處办龄,又用去午休的三十多分鐘啦。整體推文的思路有點跳躍淋昭,這可能山竹臺風的影響俐填。。T_T翔忽。英融。。
總的來說呀打,全文就想說一個事情(此處借師兄的一句話):
科研若要酷矢赁,就用TBtools

點擊原文贬丛,跳轉(zhuǎn)《園藝研究》的微信推文
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MTQ0MDg4Nw==&mid=2650191243&idx=1&sn=a3716bf2e0981bc15547a29350538018&chksm=872f9513b0581c053c0bf32eccfe1b67bd6c6d5debaffdd9b08e3969acbf360695acfed2b92b&mpshare=1&scene=23&srcid=09175y17RJZxOEL4uoAaGHeu#rd

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