網上主要有兩種方法:
- bedtools 里的bamToFastq
bamToFastq -i XX.bam -fq XX.fq - samtools bam2fq
bam2fq XX.bam >xx.fq
注意這兩種方法得到的fq文件大小完全不同(bedtools的結果reads數目是samtools的兩倍)
我的數據是三代hifi滑沧,用bedtools得到的fq跑出來的結果奇奇怪怪亩钟,但是samtools就是正常的,具體原因還需要詳細了解颂鸿,可能是bedtools更適合雙端測序屡贺,三代還是用samtools吧硼身,要不然后續(xù)會帶來無盡的煩惱翘贮。
這兩天因為這個轉換問題快被搞抑郁了幻赚。禀忆。因為輸入文件的問題導致后續(xù)hifiasm組裝出來的基因組比實際偏大,而且K-mer peak圖奇奇怪怪(下)落恼,還好終于找到了原因箩退,跑出了相對完美的峰圖(上)。
嗐佳谦!搞生信真是每天踩一坑戴涝,坑坑不一樣,有遇到類似問題的小伙伴兒可以參考钻蔑。