有生信分析需求或是想學(xué)生信的朋友都知道箫章，我們開(kāi)展工作的前提是擁有一臺(tái)Linux主機(jī)烙荷。這是由于這個(gè)專業(yè)的特殊性，我們使用的軟件五花八門檬寂，但大多都是基于Linux平臺(tái)的终抽，且沒(méi)有圖形界面的命令行工具，在Windows上很難玩的轉(zhuǎn)。
擱以前呢昼伴，解決辦法不外乎是把Windows鏟了裝Linux匾旭、裝雙系統(tǒng)、裝虛擬機(jī)亩码，或是花費(fèi)不菲的價(jià)格買臺(tái)云主機(jī)（土豪請(qǐng)繞道）季率，反正就是各種折騰，尤其對(duì)于Windows培養(yǎng)起來(lái)的電腦用戶來(lái)說(shuō)描沟，非常的不友好飒泻，一個(gè)小小的系統(tǒng)問(wèn)題卻成了大家進(jìn)階生信大神路上的第一個(gè)絆腳石。
但是自從微軟開(kāi)始擁抱開(kāi)源社區(qū)吏廉，情況就變得不一樣了泞遗，微軟和開(kāi)源社區(qū)相愛(ài)相殺的精彩故事暫且不表，他的這一舉動(dòng)倒著實(shí)為廣大人民群眾帶來(lái)了不小的便利席覆。
微軟宣布"Microsoft loves Linux"史辙，于是就有了WSL，今天我們就是基于WSL搭建分析環(huán)境佩伤。
什么是WSL
WSL 全稱為 Windows Subsystem for Linux聊倔，是一個(gè)為在 Windows 10 上能夠原生運(yùn)行 Linux 二進(jìn)制可執(zhí)行文件（ELF格式）的兼容層。微軟早在 16 年就推出了 WSL生巡，前一陣更是發(fā)布了 WSL 2.0耙蔑，現(xiàn)在想必已經(jīng)相對(duì)完善了。
安裝WSL
安裝子系統(tǒng)要求 Windows 10 Fall Creators Update 及之后版本孤荣，從這個(gè)版本開(kāi)始甸陌，子系統(tǒng)才正式對(duì)外發(fā)布，之前的版本需要打開(kāi)開(kāi)發(fā)者選項(xiàng)盐股。我們可以在設(shè)置中選擇系統(tǒng)—-關(guān)于-—Windows 規(guī)格钱豁，來(lái)查看 Windows 版本號(hào)，大于 16215 就可以了（這年月的win10基本都滿足條件了疯汁，畢竟win10是自動(dòng)更新的）：
安裝也是非常簡(jiǎn)單牲尺，首先以管理員身份運(yùn)行Power Shell并運(yùn)行：
Enable-WindowsOptionalFeature -Online -FeatureName Microsoft-Windows-Subsystem-Linux
之后，在 Microsoft Store 搜索 Linux幌蚊，安裝想要的 Linux 發(fā)行版秸谢。建議選擇Ubuntu 18.04 LTS，因?yàn)閁buntu是最流行且易入門的Linux發(fā)行版霹肝，具有活躍的社區(qū)，遇到問(wèn)題很容易搜索到解決方案塑煎，且具有強(qiáng)大的軟件包管理工具沫换。
安裝好之后，開(kāi)始菜單中就會(huì)出現(xiàn)Ubuntu的圖標(biāo)，點(diǎn)擊啟動(dòng)讯赏。
環(huán)境配置
第一次啟動(dòng)會(huì)花費(fèi)幾分鐘來(lái)初始化垮兑，并需要設(shè)置用戶名和密碼。
查看系統(tǒng)版本
輸入命令cat /etc/os-release
查看CPU信息
輸入命令cat /proc/cpuinfo | grep processor
沒(méi)錯(cuò)了漱挎，我的CPU是4核的
查看硬盤信息
輸入命令df -h
注意看最后兩行系枪，Windows的C盤和D盤被直接掛載到Ubuntu上了。
WSL 還是挺強(qiáng)大的磕谅，看起來(lái)幾乎和原生的Linux系統(tǒng)一樣私爷。我們?cè)傺b些軟件試試。
安裝Miniconda
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh &&
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
source .bashrc
安裝成功膊夹！
安裝bwa
首先創(chuàng)建一個(gè)虛擬環(huán)境衬浑，專門用來(lái)安裝生信軟件。
conda create -n bio python=3.7
創(chuàng)建完成后放刨，使用conda activate bio激活環(huán)境工秩。
輸入conda install -c bioconda bwa安裝bwa
沒(méi)有問(wèn)題，看來(lái)用WSL做生信分析是完全可行的进统。并且安裝配置的過(guò)程簡(jiǎn)單方便助币，對(duì)于新手上路或者做一些不太消耗計(jì)算資源的分析是非常有幫助的。
ENJOY!
