哇槽华，是時(shí)候要整理一下以前的學(xué)習(xí)記錄了忙灼，以前傻里傻氣不知道通過(guò)平臺(tái)來(lái)記錄代碼，都是放在一個(gè)R腳本里面結(jié)果導(dǎo)致今天別人問(wèn)一個(gè)同樣的問(wèn)題家夺，居然花了好久才找到自己以前的記錄脱柱，趕緊記下來(lái)進(jìn)行分類。
gff3文件格式參考
library(rtracklayer)
anno <- import.gff3("E://B512/Project/data/all.gff3")
exons <- anno[anno@elementMetadata$type %in% c("exon"),]
tmp <- split(exons,as.character(exons$Parent))
Gene_length <- sum(width(reduce(tmp)))
as.data.frame(Gene_length) -> PerTranscript_exon_length
write.table(PerTranscript_exon_length,"PerTranscript_exon_length.txt",quote =F)
小知識(shí)：也可以通過(guò)
featureCounts指定exon然后計(jì)算基因Counts拉馋，也可以得到基因或者轉(zhuǎn)錄本的有效的exon長(zhǎng)度褐捻。
