2022-02-10amber,mmpbsa

ante-MMPBSA.py -p box.prmtop -c com.prmtop -s ":WAT,Cl-" --radii=mbondi2

ante-MMPBSA.py -p box.prmtop -c rec.prmtop -s ":WAT,Cl-,475" --radii=mbondi2

ante-MMPBSA.py -p box.prmtop -c lig.prmtop -s ":WAT,cl-,1-474" --radii=mbondi2

AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp box.prmtop -cp com.prmtop -rp rec.prmtop -lp lig.prmtop -y ../prod10.mdcrd

mpirun-np 20 $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py.MPI -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp ../box.prmtop -cp ../complex.prmtop -rp ../receptor.prmtop -lp ../ligand.prmtop -y ../prod10.mdcrd > progress.log 2>&1

ante-MMPBSA.py -p box.prmtop -c com.prmtop -r rec.prmtop -l lig.prmtop -s ":WAT,Na+,Cl-" -n ":475"

-p 輸入復(fù)合物拓?fù)湮募?/h1>

-c 處理后的復(fù)合物拓?fù)湮募敵?/h1>

-r 處理后的靶點拓?fù)湮募敵?/h1>

-l 處理后的配體拓?fù)湮募敵?/h1>

-s 需要提出的元素除水,鈉離子,氯離子

-n 配體所處的殘基序列位置

https://blog.csdn.net/recher_He1107/article/details/113525246?spm=1001.2101.3001.6650.1&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7ERate-1-113525246-blog-124209714.235%5Ev38%5Epc_relevant_anti_t3_base&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7ERate-1-113525246-blog-124209714.235%5Ev38%5Epc_relevant_anti_t3_base&utm_relevant_index=2

最后編輯于：2023.07.16 19:23:00

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者

人面猴
序言：七十年代末，一起剝皮案震驚了整個濱河市鱼鸠，隨后出現(xiàn)的幾起案子，更是在濱河造成了極大的恐慌，老刑警劉巖川梅，帶你破解...
沈念sama閱讀 216,372評論 6贊 498
死咒
序言：濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件鞭铆，死亡現(xiàn)場離奇詭異揪垄，居然都是意外死亡，警方通過查閱死者的電腦和手機预吆，發(fā)現(xiàn)死者居然都...
沈念sama閱讀 92,368評論 3贊 392
救了他兩次的神仙讓他今天三更去死
文/潘曉璐我一進店門，熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來胳泉，“玉大人拐叉，你說我怎么就攤上這事岩遗。” “怎么了凤瘦？”我有些...
開封第一講書人閱讀 162,415評論 0贊 353
道士緝兇錄：失蹤的賣姜人
文/不壞的土叔我叫張陵宿礁，是天一觀的道長。經(jīng)常有香客問我蔬芥，道長梆靖，這世上最難降的妖魔是什么？我笑而不...
開封第一講書人閱讀 58,157評論 1贊 292
?港島之戀（遺憾婚禮）
正文為了忘掉前任笔诵，我火速辦了婚禮返吻，結(jié)果婚禮上，老公的妹妹穿的比我還像新娘嗤放。我一直安慰自己思喊，他們只是感情好，可當(dāng)我...
茶點故事閱讀 67,171評論 6贊 388
惡毒庶女頂嫁案：這布局不是一般人想出來的
文/花漫我一把揭開白布次酌。她就那樣靜靜地躺著恨课，像睡著了一般。火紅的嫁衣襯著肌膚如雪岳服。梳的紋絲不亂的頭發(fā)上剂公，一...
開封第一講書人閱讀 51,125評論 1贊 297
城市分裂傳說
那天，我揣著相機與錄音吊宋，去河邊找鬼纲辽。笑死，一個胖子當(dāng)著我的面吹牛璃搜，可吹牛的內(nèi)容都是我干的拖吼。我是一名探鬼主播，決...
沈念sama閱讀 40,028評論 3贊 417
雙鴛鴦連環(huán)套：你想象不到人心有多黑
文/蒼蘭香墨我猛地睜開眼这吻，長吁一口氣：“原來是場噩夢啊……” “哼吊档！你這毒婦竟也來了？” 一聲冷哼從身側(cè)響起唾糯，我...
開封第一講書人閱讀 38,887評論 0贊 274
萬榮殺人案實錄
序言：老撾萬榮一對情侶失蹤怠硼，失蹤者是張志新（化名）和其女友劉穎，沒想到半個月后移怯，有當(dāng)?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體香璃，經(jīng)...
沈念sama閱讀 45,310評論 1贊 310
?護林員之死
正文獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡，尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛以下內(nèi)容為張勛視角年9月15日...
茶點故事閱讀 37,533評論 2贊 332
?白月光啟示錄
正文我和宋清朗相戀三年舟误，在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了葡秒。大學(xué)時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片。...
茶點故事閱讀 39,690評論 1贊 348
活死人
序言：一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡，死狀恐怖同云，靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出糖权，到底是詐尸還是另有隱情，我是刑警寧澤炸站，帶...
沈念sama閱讀 35,411評論 5贊 343
?日本核電站爆炸內(nèi)幕
正文年R本政府宣布星澳，位于F島的核電站，受9級特大地震影響旱易，放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏禁偎。R本人自食惡果不足惜，卻給世界環(huán)境...
茶點故事閱讀 41,004評論 3贊 325
男人毒藥：我在死后第九天來索命
文/蒙蒙一阀坏、第九天我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望如暖。院中可真熱鬧，春花似錦忌堂、人聲如沸盒至。這莊子的主人今日做“春日...
開封第一講書人閱讀 31,659評論 0贊 22
一樁弒父案士修，背后竟有這般陰謀
文/蒼蘭香墨我抬頭看了看天上的太陽枷遂。三九已至，卻和暖如春棋嘲，著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間酒唉，已是汗流浹背。一陣腳步聲響...
開封第一講書人閱讀 32,812評論 1贊 268
情欲美人皮
我被黑心中介騙來泰國打工沸移，沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留痪伦，地道東北人。一個月前我還...
沈念sama閱讀 47,693評論 2贊 368
代替公主和親
正文我出身青樓雹锣，卻偏偏與公主長得像网沾，于是被迫代替她去往敵國和親。傳聞我的和親對象是個殘疾皇子蕊爵，可洞房花燭夜當(dāng)晚...
茶點故事閱讀 44,577評論 2贊 353