差異表達(dá)分析中通常需要利用箱線圖或者小提琴圖來(lái)對(duì)幾組具有差異的表達(dá)值進(jìn)行可視化表示泼差。
同時(shí)呵俏，基于T.test, wilcox.test等檢驗(yàn)差異顯著性吼肥。
利用ggpubr包可以同時(shí)解決上面兩個(gè)問(wèn)題。
exp1 <- rnorm(n=100,mean=10)
exp2 <- rnorm(n=100,mean=33)
data.input <- data.frame(exp = c(exp1,exp2),Type = c(rep('T',length(exp1)),rep('N',length(exp2))))
##ggviolin 繪制小提琴圖啤斗， add = 'boxplot', 在小提琴圖中同時(shí)加入箱線圖
ggviolin(data = data.input ,x='Type',y='exp',fill='Type',
? ? ? ? palette = c("#00AFBB","#FC4E07"),add = "boxplot",add.params = list(fill="white"))+
? stat_compare_means(comparisons=list(c('N','T')),label = "p.signif")
出現(xiàn)下圖：
也可以對(duì)多組數(shù)據(jù)同時(shí)進(jìn)行處理：
data.input$From <- c(rep(c('A','B','C','D'),50))
通過(guò)設(shè)定facet.by='From',進(jìn)行分組可視化分析
ggviolin(data = data.input ,x='Type',y='exp',fill='Type',ylim = c(5,40),
? ? ? ? palette = c("#00AFBB","#FC4E07"),facet.by = 'From',add = "boxplot",add.params = list(fill="white"))+
? stat_compare_means(comparisons=list(c('N','T')),label = "p.signif")
結(jié)果如下圖
將ggviolin替換為ggboxplot則為箱線圖和顯著性標(biāo)注結(jié)果叛赚。
感謝ggpubr包俺附，不同手動(dòng)添加各種統(tǒng)計(jì)顯著性了事镣。
