生信小白如何在短短半年收到核心期刊的錄用證明順畢業(yè)＝嫡！囚霸！
本人農(nóng)林院校的專碩研究生腰根，學(xué)制2.5年，畢業(yè)要求是一篇核心及以上或者專利拓型。碩士期間課題換了兩次额嘿，實驗數(shù)據(jù)不能支持發(fā)一篇研究論文，前期大量時間荒廢沒有知識儲備寫出綜述劣挫，結(jié)合課題只能做一個物種的生信分析册养，保證畢業(yè)。當(dāng)我知道這篇文章是我的“救命稻草”后压固，就開始瘋狂問同學(xué)球拦，找公眾號，去b站……2021年5月22日買了陳程杰老師的基因家族分析課程帐我，2021年8月24日完成論文的初稿坎炼，2021年11月29日收到投稿雜志的錄用證明。
圖中是用到的大部分軟件和網(wǎng)站拦键，使用最多的是TBtools也就是陳老師開發(fā)的強大的生物信息學(xué)分析工具（包括序列的提取谣光，引物設(shè)計，基因結(jié)構(gòu)保守域的可視化……總之功能很多芬为，只有你不會用萄金，而且軟件一直在更新，免費的媚朦，大家可以自行搜索“生信藥丸”公眾號捡絮，使用講解的很全面，保姆級別了）莲镣；其余一些使用頻率不是那么高的，VMD是蛋白三級結(jié)構(gòu)模型預(yù)測的可視化軟件涎拉，細節(jié)很足瑞侮，可以自行探索的圆；figtree和網(wǎng)站iTOL都是進化樹的可視化，因為本人的基因家族成員接近400左右半火，實在很大越妈，圖片如果要清楚美觀選擇了后者，figtree應(yīng)該也可以钮糖，但是本人未能摸透就放棄了梅掠；Jalview可以進行多序列的比對，對于其中的一些氨基酸位點可以根據(jù)需要用不同顏色進行高亮顯示店归；MEGA可以序列比對再生成進化樹阎抒，如果選擇其他美化修飾軟件，也是需要MEGA氨基酸序列比對后保存相關(guān)文件（.meg/.mtxs）導(dǎo)入才可消痛。當(dāng)然且叁，還有其他的許多軟件和網(wǎng)站，根據(jù)分析的需求進行選擇和組合都是沒有問題的秩伞。
本人的基因家族分析大體包括三個部分逞带，基因家族成員的鑒定、基本理化性質(zhì)的分析和家族成員進化分析纱新。其中展氓，基因家族成員的鑒定最為重要，也是反反復(fù)復(fù)比對后才確認脸爱。
首先遇汞，基因家族成員的鑒定包括：1. 研究的基因家族家族成員的基本特征確定（參考已有物種，我研究的是栽培花生阅羹，參考的是模式植物擬南芥勺疼，擬南芥二倍體植物，2n=10捏鱼，該基因家族成員有100個左右执庐，花生異源四倍體作物，2n=40导梆，預(yù)估200以上轨淌，400左右）2. 目標(biāo)物種序列和注釋信息的下載（花生和擬南芥的基因組文件，基因組注釋文件看尼，共4個文件）3. 雙向Blast比對獲取可能的成員（TBtools軟件進行提取后递鹉，上傳序列至ncbi batch cdd/pfam/hmmer基于保守結(jié)構(gòu)域進一步篩選）。
其次藏斩，是基因家族成員的基本分析包括1.成員理化性質(zhì)分析（分子量躏结，等電點，親/疏水性狰域，有無信號肽/跨膜結(jié)構(gòu)域和亞細胞定位媳拴』崎伲可以做成表格，其他分析大都是圖片的形式）2.基因染色體分布情況（成員在染色體上的分布做成圖屈溉，每條染色體上基因成員的數(shù)量也可以統(tǒng)計做圖）3.基因結(jié)構(gòu)分析（外顯子內(nèi)含子分布及數(shù)量）和保守結(jié)構(gòu)域分析（與確定家族成員重復(fù)塞关，可視化更為直觀，如果家族基因數(shù)量不多可以把兩張圖合并）帆赢。
最后，基因家族成員的進化分析椰于，包括1.進化樹構(gòu)建與可視化（本人研究基因家族成員較大缠导，亞家族分類與參考（擬南芥）/已知（水稻廉羔、小麥、葡萄和櫟樹）物種較為一致僻造，暗示結(jié)果具有一定可靠性）2.物種內(nèi)的共線性分析（可以看基因是否存在串聯(lián)重復(fù)）3.不同物種之間的共線性分析（研究種間基因組同源性程度憋他，抄過來的髓削，通俗的理解是目標(biāo)物種為A，現(xiàn)在做了ABC三個物種的共線性立膛，其中AB共線性數(shù)量多于AC揪罕，說明A和B的親緣關(guān)系更近）。
當(dāng)然宝泵，以上內(nèi)容僅為最基礎(chǔ)的部分好啰，其他更深入全面的分析如啟動子的預(yù)測儿奶，三級結(jié)構(gòu)模型的預(yù)測，部分實驗qRT-PCR等等椰弊。如果你想發(fā)一篇好文章瓤鼻，這遠遠是不夠的，只能說越早開始越好茬祷。以上是內(nèi)容大概，后期發(fā)布詳細分析過程。
