Jalview使用方法(1)——多序列比對

打開后主界面

今天我們介紹一款全平臺可以使用的多序列比對工具福扬,那就是Jalview脯倒,它的功能非常強大愿吹,但是我們今天講解最基本的多序列比對及結(jié)果輸出。

1. 導(dǎo)入序列

你可以導(dǎo)入你的fasta格式的序列浊洞,也有其他很多種形式的格式牵敷,自行選擇。



很多種文件格式

2. 多序列比對

序列載入之后法希,出現(xiàn)的畫面枷餐。最下面是一些注釋信息,你可以選擇去掉苫亦,或者保留毛肋。



選擇所有序列后,開始進(jìn)行序列比對屋剑,選擇相應(yīng)的比對算法润匙,我這里選擇muscle方法,并且是默認(rèn)參數(shù)唉匾。


開始比對序列

3. 去掉多余的信息并且分行顯示

為了輸出多序列比對結(jié)果孕讳,我們將不必要的信息隱藏,然后盡量美觀的顯示序列比對結(jié)果巍膘。


4. 相似性顯示不同顏色厂财,進(jìn)行美化

一般我們要區(qū)分一致性高低的氨基酸,并通過不同顏色來進(jìn)行更好的可視化峡懈。


美化比對結(jié)果

5. 導(dǎo)出圖片

圖片格式有很多種蟀苛,你可以選擇不同的格式,一邊我們就選PNG逮诲,如果要高質(zhì)量發(fā)表水平的帜平,你可以選擇svg或則eps格式。


圖片導(dǎo)出
最后編輯于
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末梅鹦,一起剝皮案震驚了整個濱河市裆甩,隨后出現(xiàn)的幾起案子,更是在濱河造成了極大的恐慌齐唆,老刑警劉巖嗤栓,帶你破解...
    沈念sama閱讀 206,013評論 6 481
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件,死亡現(xiàn)場離奇詭異箍邮,居然都是意外死亡茉帅,警方通過查閱死者的電腦和手機,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 88,205評論 2 382
  • 文/潘曉璐 我一進(jìn)店門锭弊,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來堪澎,“玉大人,你說我怎么就攤上這事味滞∮8颍” “怎么了钮呀?”我有些...
    開封第一講書人閱讀 152,370評論 0 342
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵,是天一觀的道長昨凡。 經(jīng)常有香客問我爽醋,道長,這世上最難降的妖魔是什么便脊? 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 55,168評論 1 278
  • 正文 為了忘掉前任蚂四,我火速辦了婚禮,結(jié)果婚禮上哪痰,老公的妹妹穿的比我還像新娘证杭。我一直安慰自己,他們只是感情好妒御,可當(dāng)我...
    茶點故事閱讀 64,153評論 5 371
  • 文/花漫 我一把揭開白布解愤。 她就那樣靜靜地躺著,像睡著了一般乎莉。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪送讲。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上,一...
    開封第一講書人閱讀 48,954評論 1 283
  • 那天惋啃,我揣著相機與錄音哼鬓,去河邊找鬼。 笑死边灭,一個胖子當(dāng)著我的面吹牛异希,可吹牛的內(nèi)容都是我干的。 我是一名探鬼主播绒瘦,決...
    沈念sama閱讀 38,271評論 3 399
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼称簿,長吁一口氣:“原來是場噩夢啊……” “哼!你這毒婦竟也來了惰帽?” 一聲冷哼從身側(cè)響起憨降,我...
    開封第一講書人閱讀 36,916評論 0 259
  • 序言:老撾萬榮一對情侶失蹤,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎该酗,沒想到半個月后授药,有當(dāng)?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 43,382評論 1 300
  • 正文 獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡呜魄,尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點故事閱讀 35,877評論 2 323
  • 正文 我和宋清朗相戀三年悔叽,在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了。 大學(xué)時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片爵嗅。...
    茶點故事閱讀 37,989評論 1 333
  • 序言:一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡娇澎,死狀恐怖,靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出操骡,到底是詐尸還是另有隱情九火,我是刑警寧澤,帶...
    沈念sama閱讀 33,624評論 4 322
  • 正文 年R本政府宣布册招,位于F島的核電站岔激,受9級特大地震影響,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏是掰。R本人自食惡果不足惜虑鼎,卻給世界環(huán)境...
    茶點故事閱讀 39,209評論 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望键痛。 院中可真熱鬧炫彩,春花似錦、人聲如沸絮短。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 30,199評論 0 19
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽丁频。三九已至杉允,卻和暖如春,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間席里,已是汗流浹背叔磷。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 31,418評論 1 260
  • 我被黑心中介騙來泰國打工, 沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留奖磁,地道東北人改基。 一個月前我還...
    沈念sama閱讀 45,401評論 2 352
  • 正文 我出身青樓,卻偏偏與公主長得像咖为,于是被迫代替她去往敵國和親秕狰。 傳聞我的和親對象是個殘疾皇子,可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點故事閱讀 42,700評論 2 345