今天我們介紹一款全平臺可以使用的多序列比對工具福扬,那就是Jalview脯倒,它的功能非常強大愿吹,但是我們今天講解最基本的多序列比對及結(jié)果輸出。
1. 導(dǎo)入序列
你可以導(dǎo)入你的fasta格式的序列浊洞,也有其他很多種形式的格式牵敷,自行選擇。
2. 多序列比對
序列載入之后法希,出現(xiàn)的畫面枷餐。最下面是一些注釋信息,你可以選擇去掉苫亦,或者保留毛肋。
選擇所有序列后,開始進(jìn)行序列比對屋剑,選擇相應(yīng)的比對算法润匙,我這里選擇muscle方法,并且是默認(rèn)參數(shù)唉匾。
3. 去掉多余的信息并且分行顯示
為了輸出多序列比對結(jié)果孕讳,我們將不必要的信息隱藏,然后盡量美觀的顯示序列比對結(jié)果巍膘。
4. 相似性顯示不同顏色厂财,進(jìn)行美化
一般我們要區(qū)分一致性高低的氨基酸,并通過不同顏色來進(jìn)行更好的可視化峡懈。
5. 導(dǎo)出圖片
圖片格式有很多種蟀苛,你可以選擇不同的格式,一邊我們就選PNG逮诲,如果要高質(zhì)量發(fā)表水平的帜平,你可以選擇svg或則eps格式。