根據(jù)基因組fa文件和gff文件提取cds并翻譯成pep

cds文件：注釋信息里的蛋白編碼序列
pep文件：cds對應(yīng)序列翻譯成的氨基酸序列
從NCBI上下載基因組時，有的并沒有上傳cds文件和pep文件，此時該怎么辦呢蓬蝶？

（1）利用腳本

①根據(jù)注釋文件提取轉(zhuǎn)錄本：
生信筆記系列之序列提取--根據(jù)GTF提取轉(zhuǎn)錄本
從NCBI基因組數(shù)據(jù)中獲得cds，pep和geneID對應(yīng)表- 薛貓_柳葉 ...
②將cds轉(zhuǎn)換成pep：
從cds到pep

（2）利用cufflinks中的gffread工具

GTF/GFF格式gffread入門使用

# conda上安裝cufflinks，使用之前激活環(huán)境
source /data1/spider/liupiao/miniconda3/bin/activate
# 提取cds
gffread in.gff3 -g ref.fa -x cds.fa
# 獲得pep
gffread in.gff3 -g ref.fa -y pep.fa
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