multiExpr
我們的表達(dá)數(shù)據(jù)券时， 多組格式的表達(dá)式數(shù)據(jù)（見checkSets）。一個(gè)列表的向量伏伯，每組一個(gè)橘洞。每個(gè)集合必須包含一個(gè)包含表達(dá)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)，行對(duì)應(yīng)于樣本说搅，列對(duì)應(yīng)于基因或探針炸枣。
checkMissingData
該檢查數(shù)據(jù)中是否有過多的基因和樣本的缺失項(xiàng)，以及是否有零方差的基因弄唧？
blocks
即需要給出自定義的每個(gè)基因?qū)?yīng)的module信息适肠。
可選的指定塊，在這些塊中應(yīng)進(jìn)行分層聚類和模塊檢測(cè)候引。如果給定侯养，必須是一個(gè)數(shù)字向量，multiExpr的每個(gè)基因有一個(gè)條目澄干，給出相應(yīng)基因所屬的區(qū)塊的編號(hào)逛揩。
maxBlockSize
給出模塊檢測(cè)的最大塊大小柠傍。如果上面的塊不是NULL，則忽略息尺。否則携兵，如果datExpr中的基因數(shù)超過了maxBlockSize，基因?qū)⒈活A(yù)聚到大小不應(yīng)超過maxBlockSize的塊中搂誉。
blockSizePenaltyPower
超過了最大范圍的區(qū)塊應(yīng)該被罰分多少徐紧。
number specifying how strongly blocks should be penalized for exceeding the maximum size. Set to a lrge number or Inf if not exceeding maximum block size is very important.
nPreclusteringCenters
在預(yù)聚類中使用的中心的數(shù)量。默認(rèn)為nGenes/20和100*nGenes/maxBlockSize中的較小者炭懊，其中nGenes是multiExpr中基因（變量）的數(shù)量并级。
randomSeed
在函數(shù)啟動(dòng)前作為隨機(jī)數(shù)發(fā)生器的種子的整數(shù)。如果當(dāng)前的種子存在侮腹，它將被保存并在退出時(shí)恢復(fù)嘲碧。如果給出NULL，函數(shù)將不保存和恢復(fù)種子父阻。
IndividualTOMInfo
單個(gè)數(shù)據(jù)集的TOM矩陣的可選數(shù)據(jù)愈涩。這個(gè)對(duì)象由函數(shù)blockwiseIndividualTOMs返回。如果沒有給出加矛，將使用下面的網(wǎng)絡(luò)構(gòu)造選項(xiàng)計(jì)算適當(dāng)?shù)耐負(fù)渲丿B履婉。
useIndivTOMSubset
如果給出了individualTOMInfo，這個(gè)參數(shù)允許只選擇individualTOMInfo中包含的個(gè)體集網(wǎng)絡(luò)的子集斟览。它應(yīng)該是一個(gè)數(shù)字向量毁腿，給出要使用的各個(gè)集合的索引。注意苛茂，這個(gè)參數(shù)不適用于multiExpr已烤。
corType
指定要使用的相關(guān)的字符字符串。允許的值是（唯一的縮寫）"pearson "和 "bicor"妓羊，分別對(duì)應(yīng)于Pearson和bidweight midcorrelation胯究。缺失值用pariwise.complete.obs選項(xiàng)來處理。
maxPOutliers
僅用于corType=="bicor"躁绸。分別指定中位數(shù)兩側(cè)可被視為離群值的數(shù)據(jù)的最大百分?jǐn)?shù)唐片。對(duì)于中位數(shù)的每一邊，如果高于maxPOutliers的百分位數(shù)被基于9*mad(x)的權(quán)重函數(shù)認(rèn)為是異常值涨颜，那么權(quán)重函數(shù)的寬度就會(huì)增加费韭，使中位數(shù)的那一邊的異常值等于maxPOutliers。使用maxPOutliers=1將有效地禁用所有的權(quán)重函數(shù)加寬庭瑰；使用maxPOutliers=0將得到相當(dāng)類似（但不等于）Pearson相關(guān)的結(jié)果星持。
quickCor
介于0和1之間的實(shí)數(shù)，控制在計(jì)算相關(guān)性時(shí)對(duì)缺失數(shù)據(jù)的處理弹灭。
pearsonFallback
指定如果使用bicor計(jì)算督暂，當(dāng)中位數(shù)絕對(duì)偏差（mad）為零時(shí)揪垄，是否應(yīng)該恢復(fù)到Pearson。重新定義的值是（縮寫）"none", "individual", "all" 逻翁，如果設(shè)置為"none"饥努，mad為零將導(dǎo)致相應(yīng)的相關(guān)關(guān)系為NA。如果設(shè)置為"individual"八回，Pearson calculation將只用于有zero mad的列酷愧。如果設(shè)置為"all"，單個(gè)zero mad的存在將導(dǎo)致整個(gè)變量以Pearson相關(guān)的方式被處理（就像相應(yīng)的robust選項(xiàng)被設(shè)置為FALSE）缠诅。對(duì)Pearson相關(guān)沒有影響溶浴。參見bicor。
cosineCorrelation
邏輯：是否應(yīng)該使用相關(guān)計(jì)算的余弦版本管引？余弦計(jì)算與標(biāo)準(zhǔn)計(jì)算的不同之處在于士败，它不減去平均值。
power
用于網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的軟閾值功率褥伴×陆可以是一個(gè)單一的數(shù)字，也可以是一個(gè)與集數(shù)相同長(zhǎng)度的向量重慢，每個(gè)集數(shù)都有一個(gè)power饥臂。
networkType
網(wǎng)絡(luò)類型。允許的值是（唯一的縮寫）"unsigned", "signed", "signed hybrid"伤锚。See adjacency擅笔。
checkPower
logical: should basic sanity check be performed on the supplied power? If you would like to experiment with unusual powers, set the argument to FALSE and proceed with caution.
replaceMissingAdjacencies
邏輯：在計(jì)算相鄰關(guān)系時(shí)志衣，是否應(yīng)該用0來替換缺失的值屯援？
TOMType
"none", "unsigned", "signed", "signed Nowick", "unsigned 2", "signed 2" 和"signed Nowick 2"其中的一個(gè)。If "none", adjacency將會(huì)被用來聚類. See TOMsimilarityFromExpr for details.
