這幾天R 語言升級到了3.5 的版本蒋失，終于在小數(shù)點后面一位有了變化庐舟。關于新版本可以這這篇博客中查看 R 3.5.0 is released! (major release with many new features) 矮台。
R 的安裝配置和升級對大多數(shù)人來說都是比較痛苦的事情。這里簡單總結(jié)一些的東西，希望對有需要的人有用。
安裝最新版R永遠可以通過后面的這個重定向鏈接直接下載：http://cran.r-project.org/bin/windows/base/release.htm
windows 中默認安裝目錄帶有R的版本號茂浮，比如C:/Program Files/R/R-3.5.0/，這就意味著你沒安裝一次R都會出現(xiàn)一個新的默認目錄。在設置安裝目錄的時候可以把R的版本號去掉席揽。
windows 默認會把R安裝在C盤佃乘，后面如果要安裝很多其它包的話其實是沒有寫入權限的。這個時候最好使用 file.edit('~/.Renviron') 添加一個 R_LIBS_USER 變量驹尼，用來指定R的附加包安裝位置。一來是為了避免安裝時沒有權限的尷尬庞呕，二來是將附加包和R 分開新翎，這樣R 的升級不會影響到附加包。如果輸入.libPaths() 會看到兩個目錄住练，其中一個是附加包路徑地啰，另一個就是默認安裝的 R 主程序路徑。
windows 升級R 推薦使用installr讲逛，會提示你一步步升級然后幫你把舊版本里的主程序包拷貝到新的版本里亏吝。首先，install.packages("installr")盏混，然后installr::updateR()
正常來說接下來可以使用rvcheck包蔚鸥，對所有R中安裝的各種包進行版本檢查和升級。但是目前我測試發(fā)現(xiàn)bioconductor 的默認鏡像和網(wǎng)址似乎國內(nèi)已經(jīng)登陸不上去了许赃。需要設置一下bioconductor的鏡像
如果使用R來做生信分析止喷，一定需要用到bioconductor，在windows中它的升級也會遇到各種各樣的問題混聊。比如說：
BiocInstaller version 3.x is too old for R version 3.x; 再比如說InternetOpenUrl failed弹谁；再比如說Error in read.dcf(file.path(pkgname, "DESCRIPTION"), c("Package", "Type")) : cannot open the connection。
針對第一點句喜，解決方法如下
重啟R; 運行命令 remove.packages("BiocInstaller", lib=.libPaths()) 直到R 顯示 there is no such package
再運行命令 source("https: //bioconductor.org/biocLite.R")预愤；會對bioconductor 進行升級
然后就是升級里面的R包
運行 biocValid() 查看哪些包可以繼續(xù)用哪些需要升級
然后運行biocLite("DESeq2") 進行升級即可如果出現(xiàn)看起來是網(wǎng)絡鏈接的錯誤或者包總是不能下載完整，那就需要設置鏡像咳胃。
首先可以使用biocinstallRepos()植康，查看一下目前再用的repos：
目前可用鏡像查看地址 https://www.bioconductor.org/about/mirrors/
chooseBioCmirror()
chooseCRANmirror()
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
