基于web工具牢硅，用戶可以對GEO存儲的大量數(shù)據(jù)進行瀏覽，查詢和可視化芝雪。通過四種編號GPL减余，GDS，GSE和GSM可以獲得完整的平臺惩系，數(shù)據(jù)集位岔，系列以及樣本的信息.
其中屬于用戶提交的原始數(shù)據(jù)包括：GPL(Platform),GSM(Sample),GSE(Series)如筛。GEO數(shù)據(jù)庫整理后的數(shù)據(jù)包括：數(shù)據(jù)集GDS(DataSets), 表達譜(Profiles).GEO根據(jù)平臺，數(shù)據(jù)集抒抬，系列和樣本四種形式組織數(shù)據(jù)杨刨。
平臺(Platform，GPLXXX)檢索
平臺信息是由微陣列的簡要描述和用來確定微陣列模板的數(shù)據(jù)表構(gòu)成擦剑。最基本的平臺想信息是探針列表妖胀，它們規(guī)定了哪些基因可以在該芯片平臺上被檢測出來，平臺編號以GPL為起始惠勒。以GPL6244為例點擊網(wǎng)址.
步驟如下：
1.在GEO主界面點擊Platform赚抡，進入平臺檢索界面；
2.檢索框中輸入檢索號GPL6244纠屋，點擊search涂臣；跳轉(zhuǎn)至檢索結(jié)果。
3.點擊下圖中的“GPL6244”跳轉(zhuǎn)至詳細信息售担。
4.平臺包含的信息介紹
打開網(wǎng)址看到平臺信息主要包括兩個部分赁遗，上半部分主要是平臺信息的描述(見下圖1)，下半部分是平臺數(shù)據(jù)信息描述(見下圖2)族铆。
平臺(Platform岩四，GPLXXX)數(shù)據(jù)下載
- Platform包含的文件,
一個platform通常包含3種文件:分別是soft文件，minimal文件以及suppl文件哥攘，這里我們重點介紹soft文件剖煌，soft文件位置見下圖：
找到下載文件，soft文件（這里用的例子的文件很大献丑，等待的時間會長些）
soft文件下載好了以后，對文件進行解壓侠姑，將文件的后綴改為“xls”或“xlsx”创橄，用Excel打開該文件，然后我們對soft 文件內(nèi)容進行解讀：soft和miniml都是顯示的platform的基礎(chǔ)信息莽红。在soft文件中妥畏，每種類型的信息以^開頭，這里介紹常見的幾種類別:
(1)DATABASE代表GEO數(shù)據(jù)庫的基本信息;
(2)PLATFORM代表該平臺的基本信息;
(3)SAMPLE代表用該平臺得到的樣本信息;
(4)SERIES代表使用該平臺得到的一組樣本安吁。
在每種類別中,!開頭代表一種類型的信息醉蚁，常規(guī)格式為key = value。
對于芯片平臺而言鬼店，還會提供探針和基因之間的對應(yīng)關(guān)系等信息网棍，在對應(yīng)的網(wǎng)頁上，我們可以看到如下的表格:
miniml中的內(nèi)容和soft是一樣的妇智，只是用XML格式來存儲上述信息滥玷，而supplement file則是由提交者自己上傳的一些補充文件氏身，沒有明確的格式。
樣本(Sample惑畴，GSMXXX）
在基因芯片實驗中蛋欣，一個樣本中所有基因的表達水平通常由一張芯片來檢測，樣本信息由檢測的生物材料的描述如贷，所遵循的實驗協(xié)議和包含檢測豐度值的數(shù)據(jù)表構(gòu)成陷虎，樣本編號以GSM為起始。
我們以GSM247678為例杠袱，進行檢索尚猿。打開GEO數(shù)據(jù)庫官網(wǎng),(網(wǎng)址：點擊網(wǎng)址.)，進入檢索頁面如下圖：
點擊samples跳轉(zhuǎn)至樣本平臺見下圖：
在檢索框中輸入GSM247678,點擊search霞掺，跳轉(zhuǎn)至檢索結(jié)果谊路，見下圖：
點擊下圖GSM247678，跳轉(zhuǎn)樣本檢索結(jié)果菩彬。
通過下圖第一部分可以看到GSM247678樣品的描述信息
通過下圖第二部分可以看到GSM247678樣品所用的芯片平臺和系列信息缠劝。
然后我們通過下圖可以查看全部表格數(shù)據(jù)和下載原始數(shù)據(jù)。
系列(Series,GSEXXX)
系列是由數(shù)據(jù)提供者交給GEO的一次實驗的基因芯片數(shù)據(jù)骗灶，這些數(shù)據(jù)具有明確的研究目的惨恭，是用戶使用GEO時經(jīng)常采用的一種數(shù)據(jù)查詢和下載方式，系列編號以GSE為起始耙旦。
接下來我們以GSE24673為例脱羡，介紹GSE系列數(shù)據(jù)的檢索和結(jié)果解讀。
首先打開GEO數(shù)據(jù)庫官網(wǎng)(網(wǎng)址：點擊網(wǎng)址.)免都，點擊Series 進入檢索頁面如下圖：
點擊Series锉罐，跳轉(zhuǎn)至系列，見下圖：
在檢索框中輸入GSE24673绕娘，點擊search命令脓规，結(jié)果見下圖：
點擊檢索框中的GSE24673，調(diào)整至檢索結(jié)果险领，,這一部分主要描述的是GSR系列的一些基本信息侨舆，包括文章題目，摘要绢陌，種屬等挨下，詳細說明見下圖：
這一部分主要描述的是所使用的芯片平臺信息以及樣本信息，詳細見下圖：
這一部分描述的是GSE提供的下載文件脐湾，包括SOFT文件臭笆，MINIMl 文件，Series Matrix File(s)以及原始數(shù)據(jù)文件，數(shù)據(jù)分析時耗啦，我們會用到Series Matrix File(s)文件或者原始數(shù)據(jù)詳細見下圖：
正確的分析是建立在對數(shù)據(jù)的正確理解之上凿菩，所以在做分析之前，我們需要理解數(shù)據(jù)的基本信息帜讲，最基本的幾條內(nèi)容：第一從Title 翻譯到 Over design,了解文章的標題衅谷，物種，實驗類型似将，摘要获黔，總體設(shè)計。其他需要關(guān)注的問題就是系列中的樣本數(shù)量在验，N個樣本按照實驗設(shè)計是如何分組的玷氏，分成幾組。
最后腋舌，謝謝各位伙伴的支持盏触，我是青鹽，一個自學生信块饺，并致力于在新疆推廣生信分析技能的菜鳥赞辩，今天給大家分享的內(nèi)容就到這，青鹽在這里與每一位生信自學者共學授艰，共勉辨嗽，加油加油。
