基本簡(jiǎn)介
一、16SrRNA
16SrRNA為核糖體的RNA的一個(gè)亞基牲平，16SrDNA就是編碼該亞基的基因。細(xì)菌rRNA（核糖體RNA）按沉降系數(shù)分為3種蜈抓，分別為5S资昧、16S和23S rRNA。16S rDNA是細(xì)菌染色體上編碼?rRNA相對(duì)應(yīng)的DNA序列格带，存在于所有細(xì)菌染色體基因中叽唱。該序列包含9個(gè)高變區(qū)和10個(gè)保守區(qū)，通過(guò)對(duì)某一段高變區(qū)序列（V4區(qū)或V3-V4區(qū)）進(jìn)行PCR擴(kuò)增后進(jìn)行測(cè)序虎眨，得到1500bp左右的序列嗽桩。對(duì)于16S測(cè)序而言碌冶，任何一個(gè)高變區(qū)或幾個(gè)高變區(qū)涝缝，盡管變異性再高，對(duì)于某些物種來(lái)說(shuō)罐氨，這些高變區(qū)也可能十分相近栅隐，而能夠區(qū)分它們的特異性序列片段有可能不在我們的擴(kuò)增區(qū)域內(nèi)玩徊。換言之佣赖，非全長(zhǎng)的可變區(qū)序列覆蓋范圍不夠?qū)е翢o(wú)法鑒定到種憎蛤。
目前來(lái)說(shuō)俩檬，16S比較可靠的是用來(lái)做菌群的群落分析棚辽，物種的組成屈藐，多樣性分析等榔组，但是由于16S測(cè)序本身的性質(zhì)熙尉，想要注釋到種水平目前準(zhǔn)確性還有待商榷。由于16s是以菌為主體進(jìn)行研究搓扯，想要研究具體的功能目前來(lái)說(shuō)還比較困難检痰。
2、宏基因組
宏基因組研究以環(huán)境中所有微生物基因組為研究對(duì)象锨推，通過(guò)對(duì)環(huán)境樣品中的全基因組DNA進(jìn)行高通量測(cè)序铅歼，獲得單個(gè)樣品的飽和數(shù)據(jù)量，基于denovo組裝進(jìn)行微生物群落結(jié)構(gòu)多樣性换可，微生物群體基因組成及功能椎椰，特定環(huán)境相關(guān)的代謝通路等分析，從而進(jìn)一步發(fā)掘和研究具有應(yīng)用價(jià)值的基因及環(huán)境中微生物群落內(nèi)部沾鳄、微生物與環(huán)境間的相互關(guān)系慨飘。構(gòu)建的環(huán)境微生物基因集，可為環(huán)境中微生物的研究缚态、開(kāi)發(fā)和利用提供基因資源庫(kù)浆熔。
宏基因組測(cè)序又能做什么分析呢老虫，首先16s能做的宏基因組都能做忽刽，有些還能做的更好，比如宏基因組就可以準(zhǔn)確的在種水平上進(jìn)行相應(yīng)的注釋。除此之外黎泣，由于宏基因組可以組裝到比對(duì)到基因上，那么就可以基于基因水平進(jìn)行更多的分析献起，如GO，KEGG功能分析，代謝相關(guān)關(guān)聯(lián)分析厌殉，疾病關(guān)聯(lián)分析等耀销。對(duì)于菌群在疾病的發(fā)生發(fā)展的解釋會(huì)更加的細(xì)致具體。
總結(jié)
如果你有一些臨床樣本（口腔张吉，鼻腔或糞便等）查邢，想了解研究菌群與疾病的關(guān)聯(lián)缓苛，那么我們?cè)撨x16S測(cè)序還是宏基因組測(cè)序呢笔刹？?首先就是研究經(jīng)費(fèi)得夠亦镶，目前來(lái)說(shuō)16S一個(gè)只要幾百塊錢，但是宏基因組測(cè)序一個(gè)樣本需要3精拟、4千笋鄙，如果經(jīng)費(fèi)不夠那就選擇16S啦劳殖。其次和我們的研究目標(biāo)是密切相關(guān)的，假設(shè)我們研究的是疾病與對(duì)照組間菌群直接的差異，那么16S測(cè)序完全夠用灵妨，而且目前來(lái)說(shuō)除了種水平外述召，其它的多個(gè)水平同樣的樣本16s注釋的物種會(huì)更加豐富怪与。當(dāng)然如果需要研究關(guān)鍵的功能和基因存淫，那么直接選擇宏基因組測(cè)序即可。
