步驟
安裝
conda create -n liftoff
conda install liftoff
執(zhí)行代碼
liftoff -g (參考基因組gff3注釋文件蛔糯，如：Gmax_275_Wm82.a2.v1.gene.gff3) -o (輸出文件名).gene.gff3 -p 28 -chroms (染色體號(hào)對(duì)應(yīng)情況) -u ./unmap.txt（未匹配的日志） ../xxx.fa（需要匹配的基因組） ../Gmax_275_v2.0.fa（參考基因組）
代碼參數(shù)
-g 參考基因組的注釋文件
-o 想要注釋的基因組輸出的注釋文件
-p 線程數(shù)
-u 未匹配到的基因日志文件
命令最后兩個(gè) target 需要匹配的基因組 reference 參考基因組
-chroms 為了提高基因映射的準(zhǔn)確性疑故，這里僅允許相同染色體間的基因進(jìn)行映射，因此需要指定兩個(gè)基因組間的染色體對(duì)應(yīng)關(guān)系胁艰，即-chroms參數(shù)一铅，其格式如下：
chrA01,chrA01
chrA02,chrA02
chrA03,chrA03
chrA04,chrA04
chrA05,chrA05
...
Uncluster,Uncluster
Ref
https://github.com/agshumate/Liftoff#readme
http://www.reibang.com/p/c18f7cac43c6
