R對(duì)象的類(lèi)型

1峰锁、原子向量

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?x1<-c(1:5)

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?x1為原子型向量

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?x1<-5

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?length x1

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? #1

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? x1為長(zhǎng)度為1的原子向量

原子向量只能是一種類(lèi)型的數(shù)據(jù)诫惭，其值儲(chǔ)存在一維向量中毛雇。原子向量可以?xún)?chǔ)存的數(shù)據(jù)類(lèi)型有：整型（integer）、雙整型（double）阿蝶、字符型（character）冰木、邏輯型（logical）饼丘、復(fù)數(shù)類(lèi)型（complex）、原始類(lèi)型（raw）仑最。

每種原子向量都有特定的書(shū)寫(xiě)規(guī)范扔役，這樣R才能夠準(zhǔn)確識(shí)別，進(jìn)行過(guò)運(yùn)算警医。

下面介紹R的六種原子向量

1亿胸、雙整型坯钦，又稱(chēng)數(shù)值型

特點(diǎn)：存儲(chǔ)普通的數(shù)值型數(shù)據(jù)；可大可小侈玄，可正可負(fù)婉刀，小數(shù)點(diǎn)可有可無(wú)。在R中鍵入的數(shù)據(jù)都默認(rèn)以雙整型（數(shù)值型）儲(chǔ)存序仙。

2突颊、整型

可通過(guò)typeof函數(shù)查看R對(duì)象的數(shù)據(jù)類(lèi)型

特點(diǎn)：不需要小數(shù)點(diǎn)。明確設(shè)定整型的方法是數(shù)值之后加L潘悼。

整型和雙整型的特點(diǎn)比較：a律秃、數(shù)據(jù)處理更常用雙整型數(shù)據(jù) b、1和1L的儲(chǔ)存方式不同治唤，整型的定義方式要比雙整型更加精確 c棒动、采用整型進(jìn)行運(yùn)算，有時(shí)會(huì)產(chǎn)生浮點(diǎn)誤差宾添。

3迁客、字符型

特點(diǎn)：儲(chǔ)存文本。書(shū)寫(xiě)要加雙引號(hào)辞槐。字符型向量中的單個(gè)元素成為字符串（string）掷漱，可以包含字母、數(shù)字或者符號(hào)榄檬。

4卜范、邏輯型

特點(diǎn)：儲(chǔ)存TRUE和FALSE，是R中布爾數(shù)據(jù)的表現(xiàn)形式鹿榜。鍵入方式 ? ? ?TRUE或FALSE ? ? 海雪，R默認(rèn)將 ?T ?和 ?F ?當(dāng)做TRUE和FALSE的縮寫(xiě)。

5舱殿、復(fù)數(shù)類(lèi)型和原始類(lèi)型

特點(diǎn)：這兩種數(shù)據(jù)類(lèi)型使用較少奥裸。書(shū)寫(xiě)規(guī)范：復(fù)數(shù)類(lèi)型為 ?數(shù)字+數(shù)字i ?；原始類(lèi)型為 ? raw（數(shù)字）沪袭。

屬性（attribute）

定義：屬性是加給R對(duì)象的額外信息湾宙，不影響R的取值，在一些函數(shù)運(yùn)算中會(huì)根據(jù)對(duì)象的屬性決定是否進(jìn)行特定操作冈绊∠丽可以將屬性理解為元數(shù)據(jù)（metadata），作用就是將與該R對(duì)象的相關(guān)信息以便捷的方式儲(chǔ)存起來(lái)并附加給該對(duì)象死宣。

可以用attributes函數(shù)查看對(duì)象有哪些屬性伟恶，NULL表示空值，即沒(méi)有任何意義毅该。

原子向量最常見(jiàn)的三種屬性為：名稱(chēng)（name）博秫、維度（dim）和類(lèi)（class）

每個(gè)屬性都有相應(yīng)的輔助函數(shù)潦牛，上述三種屬性的輔助函數(shù)為：names（），dim（）和class（）挡育。

1罢绽、names函數(shù)：可以將一串字符向量賦給對(duì)象。字符向量的長(zhǎng)度應(yīng)該等于對(duì)象的長(zhǎng)度静盅。每個(gè)字符元素對(duì)應(yīng)于對(duì)象中相應(yīng)位置的元素良价。要想一次性刪除names，可以將NULL賦給names函數(shù)蒿叠。

如上圖明垢，也可以在鍵入元素時(shí)直接添加名字

2、dim函數(shù)：dim可將維度屬性賦給原子向量（原子向量是一維向量）使其成為n維數(shù)組（array）市咽。

函數(shù)dim（x痊银，y），x表示行施绎，y表示列溯革。填充數(shù)組的過(guò)程，先填充列谷醉，再填充行致稀。除了dim函數(shù)也可以選擇matrix函數(shù)和array函數(shù)，這兩種函數(shù)有更多的參數(shù)俱尼，可以調(diào)節(jié)運(yùn)算過(guò)程抖单。

矩陣

矩陣將數(shù)值存儲(chǔ)在二維數(shù)組中。對(duì)應(yīng)的函數(shù)為matrix遇八。

matrix可以設(shè)定的參數(shù)：行數(shù)（nrow）矛绘、列數(shù)（ncol），先填滿列（byrow=FALSE）

數(shù)組

array函數(shù)可以生成n維數(shù)組刃永。

array（原子向量货矮，dim=c（維度信息））

類(lèi)（class）

類(lèi)屬于屬性的一種。更改原子向量的維度不會(huì)更改數(shù)據(jù)類(lèi)型斯够，但是會(huì)更改class屬性（類(lèi)）囚玫。個(gè)人對(duì)類(lèi)的理解就是將一種類(lèi)型的數(shù)據(jù)以不同種類(lèi)的形式表現(xiàn)，就是說(shuō)將數(shù)據(jù)換個(gè)表現(xiàn)形式雳刺，比如說(shuō)將一維的數(shù)據(jù)用二維的方式排列劫灶，將秒數(shù)換算成天數(shù)。

上圖所示：die原本是一維的數(shù)值向量掖桦，變成二維后依然是數(shù)值向量，數(shù)據(jù)類(lèi)型沒(méi)有改變供汛，但是class變了

attributes函數(shù)可以查看對(duì)象的屬性枪汪，但不一定顯示class涌穆，如果想查看class需要使用class函數(shù)搜索

如圖顯示：ashape1的class屬性為matrix

如果一個(gè)函數(shù)沒(méi)有class屬性，class函數(shù)會(huì)返回該函數(shù)的數(shù)據(jù)類(lèi)型

R及R包中有很多類(lèi)雀久，每個(gè)類(lèi)都有自己的幫助頁(yè)面宿稀，在這些類(lèi)中，有一種類(lèi)特別重要赖捌，那就是因子（factor）祝沸。

因子在R中用來(lái)存儲(chǔ)分類(lèi)信息。生成因子的函數(shù)factor可以將向量中的值轉(zhuǎn)化為整數(shù)越庇，存儲(chǔ)在整數(shù)型向量中罩锐，并將兩個(gè)屬性添加到該整型向量，一個(gè)level屬性和一個(gè)類(lèi)屬性卤唉，level儲(chǔ)存顯示因子值的一組標(biāo)簽涩惑，類(lèi)屬性即為factor。

使用unclass函數(shù)查看R如何儲(chǔ)存因子：factor將字符串轉(zhuǎn)化為整數(shù)型儲(chǔ)存桑驱，每個(gè)不同的整數(shù)對(duì)應(yīng)相應(yīng)的標(biāo)簽（levels）

可以使用as.character函數(shù)將一個(gè)因子轉(zhuǎn)換成字符串

強(qiáng)制轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)類(lèi)型

R的強(qiáng)制轉(zhuǎn)換是指：將不同的數(shù)據(jù)類(lèi)型放入一個(gè)向量竭恬，R會(huì)自動(dòng)講這些數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為同一種數(shù)據(jù)。

強(qiáng)制轉(zhuǎn)換的規(guī)則：向量中含有字符串熬的，R會(huì)將所有元素轉(zhuǎn)換為字符型痊硕；向量中只含有邏輯型和數(shù)值型元素，R將所有元素轉(zhuǎn)換為數(shù)值型押框。在邏輯型元素轉(zhuǎn)換為數(shù)值型元素時(shí)寿桨，TRUE被轉(zhuǎn)換為1；FALSE被轉(zhuǎn)換為0强戴。對(duì)邏輯型向量進(jìn)行運(yùn)算亭螟，R也會(huì)進(jìn)行強(qiáng)制轉(zhuǎn)換字符型為數(shù)值型。

如果想將一種類(lèi)型的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為另一種特定類(lèi)型可以用as系列函數(shù)

列表

列表是R的一種基本對(duì)象類(lèi)型骑歹。列表是將數(shù)據(jù)組織在一維集合中预烙，類(lèi)似于原子型向量，但是列表組織的是R對(duì)象道媚，不是具體的單個(gè)元素扁掸，列表中可以有不同的數(shù)據(jù)類(lèi)型。創(chuàng)建向量需要用list函數(shù)最域。

[[1]]表示列表中的第幾個(gè)元素谴分，[1]表示列表中第幾個(gè)元素的子元素。列表中的元素也可以有獨(dú)立的索引系統(tǒng)镀脂，比如列表的元素中含有列表牺蹄。

數(shù)據(jù)框（data frame）

數(shù)據(jù)框是列表的二維版本，每一列是一個(gè)向量薄翅，列與列之間的數(shù)據(jù)類(lèi)型可以不同沙兰，同一列內(nèi)的數(shù)據(jù)類(lèi)型必須相同氓奈。

注意兩點(diǎn)：1、可以給數(shù)據(jù)框中的每個(gè)向量起名字鼎天，如上圖的gene舀奶、expressionlevel、foldchange斋射。2育勺、每列向量必須等長(zhǎng)，或者在R的循環(huán)規(guī)則下可以變成等長(zhǎng)向量罗岖。

數(shù)據(jù)框的的數(shù)據(jù)類(lèi)型屬于列表（list）涧至，str函數(shù)可以查看有哪些對(duì)象組織在了該列表或者數(shù)據(jù)框中，如上圖R自動(dòng)將gene列表中的字符串轉(zhuǎn)換成了因子呀闻。如果不想讓R將字符串自動(dòng)轉(zhuǎn)換為因子化借，可以在data.frame函數(shù)中添加參數(shù)：stringasfactors=FALSE

加載數(shù)據(jù)

.csv文件是逗號(hào)分隔值文件（comma seperated values），是目前最常用的儲(chǔ)存數(shù)據(jù)的純文本文件捡多。

加載外部的數(shù)據(jù)集（dataset）：在Rstudio的右上方蓖康，點(diǎn)擊import dataset按鈕，選擇要添加的數(shù)據(jù)類(lèi)型垒手，這里要注意蒜焊，添加數(shù)據(jù)之前，應(yīng)將數(shù)據(jù)文件放置到Rstudio的工作目錄科贬。在導(dǎo)入文件時(shí)泳梆，可以根據(jù)導(dǎo)向設(shè)定一下所要讀取文件的分隔符、是否把第一行當(dāng)做變量名稱(chēng)榜掌、是否默認(rèn)把字符串轉(zhuǎn)換成因子（一般情況下都不要這么干）优妙。可以在控制面板中通過(guò)head函數(shù)或者tail函數(shù)查看前幾行或者后幾行數(shù)據(jù)憎账。

保存數(shù)據(jù)

將數(shù)據(jù)框保存為文本文件如.csv：用writ.csv函數(shù)套硼，函數(shù)的局用法可以通過(guò)？writ.csv查詢(xún)胞皱，在使用該函數(shù)時(shí)有三個(gè)參數(shù)很重要如圖：

第一個(gè)參數(shù)是對(duì)象名邪意；第二個(gè)參數(shù)是保存生成的文件名，注意要標(biāo)明格式反砌；第三個(gè)就是row.names雾鬼，這個(gè)參數(shù)一般都把它設(shè)置為FALSE，不然每次打開(kāi)可能會(huì)都要重新生成行號(hào)宴树。

保存的文件一般都會(huì)保存到目前的工作目錄下策菜。如果要更改路徑可以選擇Rstudio中Session-set working directory中設(shè)置。在Tools-Global options中也可以設(shè)置default working directory（when not in a project）。我在tools選項(xiàng)中設(shè)置了默認(rèn)工作路徑為D盤(pán)做入，我打開(kāi)放在桌面的 ? ?.R ? ?程序時(shí)冒晰，文本文件并沒(méi)有保存到D盤(pán)同衣，還是保存到了桌面竟块，我想可能是因?yàn)榇藭r(shí)的project就是在桌面的原因吧，如果這個(gè)時(shí)候想要把文本保存到D盤(pán)耐齐，就得借助于Session選項(xiàng)浪秘。

R對(duì)象按其數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)可以分為五種，如下圖埠况，總結(jié)的非常清晰明了：

儲(chǔ)存R的數(shù)據(jù)時(shí)耸携，可以選擇CSV，也可以選擇R自帶文件格式辕翰。選擇CSV的優(yōu)勢(shì)就是文件可以共享夺衍，都能讀出來(lái)。選擇R自帶格式的優(yōu)勢(shì)是占用空間小喜命，但是除了R以外沟沙，基本上不能被其他軟件打開(kāi)。

讀取excel文件時(shí)壁榕，先將excel另存為csv格式矛紫，然后再用R導(dǎo)入，這樣能確保轉(zhuǎn)換導(dǎo)入效果最好牌里。

也可以將剪切板中的內(nèi)容導(dǎo)入R

當(dāng)導(dǎo)入非文本文件時(shí)颊咬，用文件所對(duì)應(yīng)原始軟件的導(dǎo)出功能將該文件導(dǎo)出為文本文件如csv，是將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)錄為文本的最安全也是自由度最高的方法牡辽。如果不能通過(guò)原始軟件導(dǎo)出喳篇，那就只能借助于R包了。