其實(shí)接觸Linux已經(jīng)很久了，最開始是看到《鳥哥的私房菜》一書薪鹦，那還是2016年的時(shí)候扁达，實(shí)驗(yàn)室一個(gè)做生信的師弟推薦的正卧。那個(gè)時(shí)候心里有學(xué)生信的念頭，但是平時(shí)除了上課還要做實(shí)驗(yàn)跪解，加上又沒(méi)特別的需求炉旷，所以堅(jiān)持看了沒(méi)有幾章的書就放棄了。那本書從最開始借的叉讥，到下載了電子版窘行，甚至后來(lái)還買了紙質(zhì)版，但都沒(méi)有堅(jiān)持下來(lái)图仓。一方面書籍有些晦澀難懂罐盔，感覺(jué)不是站在一個(gè)初學(xué)者的角度寫的，另外自己天生對(duì)這種純文本的東西不是那么感冒救崔。
最近惶看，由于使用學(xué)校的服務(wù)器需要考試捏顺，不得不加緊時(shí)間學(xué)習(xí)linux的基礎(chǔ)，搜索網(wǎng)站時(shí)看到了基因課上的視頻課程纬黎，感覺(jué)更直接有目的性幅骄，而且理論實(shí)操一起上，所以決定盡快由這套材料上手本今。邊看邊練拆座，邊學(xué)邊總結(jié)，爭(zhēng)取盡快上手冠息。

1. 課程鏈接：生物信息入門之 Linux

2. 本次內(nèi)容

• 文件創(chuàng)建挪凑、刪除、修改逛艰、查看躏碳；壓縮、打包瓮孙。

3. 準(zhǔn)備工作

3.1 Linux系統(tǒng)介紹

• 個(gè)人電腦市場(chǎng)以Windows為主唐断，但服務(wù)器市場(chǎng)則是Linux系統(tǒng)的天下。
• Linux特點(diǎn)：開源杭抠，免費(fèi)脸甘，穩(wěn)定，命令行模式偏灿。
• 服務(wù)器：可理解為一臺(tái)配制更強(qiáng)大丹诀、運(yùn)行更厲害的大型不關(guān)機(jī)電腦。
• 操作系統(tǒng)與電腦： Hardware-Operate system-Application-Users
• 版本：Ubuntu優(yōu)先翁垂，其次Centos铆遭，兩者區(qū)別在于軟件安裝方式不同。

3.2. 從windows遠(yuǎn)程登錄

下載putty沿猜，輸入ip地址枚荣，用戶名和密碼，即可登錄啼肩。

遠(yuǎn)程登錄

3.3. 安裝Linux虛擬機(jī)

• 準(zhǔn)備工作1：下載Virtualbox并安裝橄妆。
• 準(zhǔn)備工作2：Linux安裝鏡像文件（elementery OS）官網(wǎng)下載。
• 從Virtualbox中安裝：

4. 基本操作

4.1 修改密碼

修改密碼

• 命令提示符格式： 用戶名@服務(wù)器名：當(dāng)前目錄$
• 修改密碼的命令行：passwd-回車祈坠，依次輸入舊密碼害碾，新密碼，確認(rèn)新密碼赦拘，成功慌随。
• 清空屏幕快捷鍵：Ctrl + L。
• 退出session：exit。

4.2 準(zhǔn)備測(cè)試數(shù)據(jù)

git clone https://git.coding.net/zhangxudong/GenekTV_Linux.git  #輸入命令行下載數(shù)據(jù)

4.3 切換文件夾

切換文件夾

• 打印當(dāng)前路徑：pwd
• Linux不同于windows系統(tǒng)下的每個(gè)盤阁猜，Linux文件系統(tǒng)是一個(gè)樹狀的目錄結(jié)構(gòu)丸逸。
• 各種符號(hào)含義：“/”：代表根目錄；“_{”：代表登錄后自己所在的目錄蹦漠，或者說(shuō)是主目錄椭员，例如}/home/zxd车海；“.”：代表當(dāng)前目錄笛园；“..”：代表上一級(jí)目錄。
• 跳到上一級(jí)目錄：cd~或cd..侍芝。
• 絕對(duì)路徑：從根目錄（/）開始研铆，例如/home$；相對(duì)路徑：從.或..開始的州叠，例如cd..棵红。

4.4 查看文件列表

查看文件列表

• ls命令：查看當(dāng)前路徑下有哪些文件：但ls只能看文件名稱；
• ls -l：添加-l選項(xiàng)可查看詳細(xì)信息咧栗，具體格式包括：d（文件夾逆甜，-為文件）+ 用戶和權(quán)限 + 文件大小 +修改時(shí)間；
• 一條命令的結(jié)構(gòu)一般包括三部分致板，即命令（ls）+ 選項(xiàng)（-l）+ 參數(shù)（BioSoft/ncbi/）
• ls常用選項(xiàng)： -l：查看文件詳細(xì)信息交煞； -a：查看包含以.開頭的隱藏文件 ；-h：以更易懂方式顯示文件大小 斟或；-t：按修改時(shí)間排序素征。
• 查看幫助信息：ls--help；或者man ls萝挤。

4.5 歷史命令御毅、復(fù)制、自動(dòng)補(bǔ)全

• 歷史命令：通過(guò)上下鍵可選擇查閱歷史命令怜珍。
• 復(fù)制：使用了putty：選中即為復(fù)制端蛆，右鍵為粘貼；Mac：選中后Command + C/Command + V酥泛。
• 自動(dòng)補(bǔ)全：輸入幾個(gè)字母后點(diǎn)擊Tab自動(dòng)補(bǔ)全今豆；若出現(xiàn)多個(gè)文件，可再增加字符揭璃，匹配正確文件晚凿。

4.6 查看文件內(nèi)容

查看文件內(nèi)容

• 查看小文件：cat
• 查看大文件：less，僅顯示部分內(nèi)容瘦馍，按q后退出歼秽，ctrl+C強(qiáng)制退出；選項(xiàng)-S為不換行情组，可進(jìn)行整齊排列燥筷，可進(jìn)行左右翻頁(yè)箩祥。
• 首尾行：head/tail,默認(rèn)為10行，可設(shè)置n肆氓，例如：head -n 2 + 文件名袍祖，為僅顯示2行。

4.7 vim編輯文件內(nèi)容

Vim編輯文件內(nèi)容

• 打開文件：使用vi + 文件名谢揪，此時(shí)文件處于命令模式蕉陋，
• 文件三種模式可切換，切換方式如上圖拨扶；其中通過(guò)a凳鬓，i，o可切換至輸入模式患民，進(jìn)行編輯缩举；編輯完成后，Esc鍵至命令模式匹颤，通過(guò)：鍵切換至末行模式仅孩，w進(jìn)行保存，q退出（wq可同時(shí)操作）印蓖。
• 命令模式下的快捷鍵：復(fù)制：光標(biāo)至某行辽慕，yy；粘貼：p另伍；復(fù)制2行：yy2鼻百；刪除：光標(biāo)處，dd摆尝；撤銷：u温艇；選取特定內(nèi)容：v，上下左右選中內(nèi)容后y復(fù)制堕汞，c剪貼勺爱，p粘貼。

4.8 文件拷貝讯检、移動(dòng)琐鲁、刪除

文件拷貝、移動(dòng)人灼、刪除

• 創(chuàng)建文件夾：mkdir
• 拷貝：cp [-r] 源文件夾名稱 + 目標(biāo)文件夾名稱/辨泳，巧用通配符 （所有帶某種符號(hào)或片段的球及，例如烫止，.gz）,文件夾時(shí)需要加r绒北；
• 備份：cp -r data data.bak(新備份文件夾名稱）
• 移動(dòng)：mv 源文件名稱 + 目標(biāo)文件夾名稱/
• 刪除：rm [-r] 文件夾（-r遞歸命令）
• 鏈接：ln -s/源文件路徑 文件[夾]，鏈接符號(hào) ->

4.9 壓縮和打包

壓縮和打包

• 基因組文件壓縮比較高，通過(guò)壓縮后可大量節(jié)省空間涝桅；
• 常用壓縮命令：gzip和bzip2拜姿，具體方法見上圖，以gzip為例：壓縮：gzip seq.fa冯遂；解壓：gunzip seq.fa.gz;
• 打包：tar -cvf sequence.tar *蕊肥； 解包： tar -xvf sequence.rar
• 通常壓縮和打包是同時(shí)進(jìn)行的，例如：
• gzip壓縮打包：tar -zcvf sequence.tar.gz *蛤肌；解壓：tar -zxvf sequence.tar.gz *
• bzip2壓縮打包：tar -jcvf sequence.tar.bz2 *壁却；解壓：tar -jxvf sequence.tar.bz2 *