??R語言是數(shù)學(xué)研究工作者設(shè)計的一種數(shù)學(xué)編程語言，主要用于統(tǒng)計分析鸟废、繪圖、數(shù)據(jù)挖掘姑荷。R語言是解釋運行的語言（與C語言的編譯運行不同）盒延，它的執(zhí)行速度比C語言慢得多，不利于優(yōu)化鼠冕。但它在語法層面提供了更加豐富的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)操作并且能夠十分方便地輸出文字和圖形信息添寺，所以它廣泛應(yīng)用于數(shù)學(xué)尤其是統(tǒng)計學(xué)領(lǐng)域。這也是大多數(shù)生信工作者選擇R語言的原因懈费。
1. 學(xué)習(xí)資源
推薦書籍：R語言實戰(zhàn)计露，R數(shù)據(jù)科學(xué)等等；
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遇見bug怎么辦
R語言初學(xué)者必備-cheatsheet大全：https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/
簡書憎乙、知乎等各大平臺都會提供很多生信分析常見的教程票罐，一定要利用好這些資源；
報錯怎么辦：度娘來幫忙泞边；一定要學(xué)會百度该押！一定要學(xué)會百度！一定要學(xué)會百度阵谚！
2. 了解并安裝R, Rstudio 及R包
下載R語言的軟件: https://cran.r-project.org/bin
下載Rstudio這個R編輯器: https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
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安裝一些必要的包：
什么是R包：包是 R 函數(shù)蚕礼、實例數(shù)據(jù)、預(yù)編譯代碼的集合梢什，包括 R 程序奠蹬，注釋文檔、實例嗡午、測試數(shù)據(jù)等囤躁；
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安裝包 install.packages(" xxxxxx ")
對于生物信息學(xué)常用的包，可以使用：BiocManager::install("xxxx")函數(shù)進行安裝
加載包 library( xxxxx )
查看包的幫助文檔help("xxxxx") 或?xxxxx
# 生物信息學(xué)分析必備的一些R包，復(fù)制以下代碼割以，直接運行即可金度；
rm(list = ls())
# 設(shè)置鏡像：
options()$repos
options()$BioC_mirror
#options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos
options()$BioC_mirror
# 方法一：
options()$repos
install.packages('WGCNA')
install.packages(c("FactoMineR", "factoextra"))
install.packages(c("ggplot2", "pheatmap","ggpubr"))
library("FactoMineR")
library("factoextra")
# 方法二：
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)
# 方法三：從github中安裝
# 所有的R包都提交上傳到CRAN应媚，如Github严沥，需要通過一定的渠道進行安裝
# R安裝devtools包
install.packages("devtools")
library(devtools)
# 安裝github上的R包（需翻墻或改hosts）
devtools::install_github('lchiffon/REmap')
# 前為github的用戶名，后為包名
# 測試--加載R包中姜；
library(REmap)
library(GSEABase)
library(GSVA)
library(clusterProfiler)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(hgu133plus2.db)
library(limma)
library(org.Hs.eg.db)
library(pheatmap)
獲取當(dāng)前工作區(qū)間getwd()
更改工作區(qū)間setwd( "xxxxxx")
清除當(dāng)前對象rm(xx)
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